Certains outils en silex retrouvés au sommet du tor et datant du Néolithique montrent que le site a été visité et peut-être occupé au cours de la Préhistoire.

Entre 1964 et 1966, des fouilles menées par Philip Rahtz (en) et son équipe ont été entreprises sur cette colline. Elles ont révélé que, durant l'Âge sombre, les environs du lieu où plus tard allait se dresser l'église médiévale Saint-Michel avaient été occupés. Ces fouilles ont permis de découvrir des trous creusés par des poteaux, deux foyers de cheminées comprenant une forge de ferronnier, deux enterrements orientés nord-sud (donc probablement pas chrétiens), des fragments d'amphores méditerranéennes datant du VIe siècle (vases utilisés pour le vin ou l'huile de cuisine) et une tête de bronze creuse et usée ayant peut-être appartenu à l'un des membres d'une tribu anglo-saxonne.

Les vestiges du village voisin de Glastonbury Lake Village (en) ont été identifiés en 1892 et ont montré que durant l'âge du fer, soit environ 300-200 ans av. J.-C., il existait un village dans lequel se trouvait une île dans les marécages que l'on pouvait facilement défendre. Des ouvrages de terre ainsi que des restes romains prouvent que le lieu a été occupé plus tard. Les Bretons semblent avoir appelé cet endroit Ynys yr Afalon (signifiant l'« île d'Avalon ») et certains pensent qu'il s'agit là de l'Avalon de la légende arthurienne.

 Vue des ruines de l'église Saint-Michel.

Le nom celtique du tor était Ynys Wydryn, ou parfois Ynis Gutrin, signifiant « île de verre ». À cette époque, la plaine était inondée et l'île devenait progressivement une péninsule à marée basse. Des restes d'un fort du Ve siècle ont été trouvés sur le tor et ont été remplacés par l'église médiévale Saint-Michel qui a existé jusqu'en 1275. Selon le British Geological Survey, l'église a été détruite le 11 septembre 1275 par un séisme ressenti jusqu'à Londres, Canterbury et dans le pays de Galles, détruisant de nombreuses maisons et églises dans tout le Sud de l'Angleterre. L'intensité évaluée à Glastonbury est supérieure à 7 (échelle MSK), avec un épicentre aux environs de Portsmouth ou Chichester, dans le Sud de l'Angleterre. Il est possible que la forme du tor ait conduit à une amplification des ondes sismiques (effets de site) à l'endroit même où l'église était située.

Une seconde église, construite dans les années 1360, a survécu jusqu'à la dissolution des monastères en 1539, date à laquelle le tor est devenu le lieu d'exécution de Richard Whiting (en), le dernier abbé de l'abbaye de Glastonbury, ainsi que celui de deux de ses moines. Tous trois ont été pendus, éviscérés et écartelés. Les vestiges de la tour Saint-Michel ont été restaurés dans les temps modernes. Il s'agit d'un monument historique de 1re classe, géré par le National Trust.

Le site de la foire qui se tient au pied de la colline est connu sous le nom traditionnel de Fair Field, nom donné à une clôture agricole. Les clôtures dans le paysage local remontent au XVIIIe siècle.