À l'origine, la Malaisie était une péninsule inhabitée, recouverte par une forêt vieille de 130 millions d'années ayant échappé à toutes les glaciations. Ce n'est que vers 10 000 avant J.-C. qu'arrivèrent les premiers aborigènes.

L'année 1511 marque la première présence européenne en Malaisie avec la prise de la ville de Malacca (Melaka en malais) par le vice-roi portugais des Indes, Afonso de Albuquerque, parti de Goa à la tête d'une flotte de dix-huit bateaux et 1 200 hommes.

La prise de Malacca par les Portugais a eu deux conséquences fondamentales : la rupture du réseau des marchands de l'Asie du Sud-Est insulaire et péninsulaire, et la christianisation de l'est de l'archipel indonésien.

En 1641, les Hollandais de la VOC (Vereenigde Oostindische Compagnie ou « Compagnie hollandaise des Indes orientales »), alliés à Johor, prennent à leur tour Malacca aux Portugais.

En 1795, les Britanniques s'emparent du territoire malais, avec l’île de Singapour. En 1815, à la suite du traité de Vienne, Singapour, et tous les territoires malais au nord de Singapour, deviennent britanniques. Le Sabah, et Sarawak, au nord de Bornéo, deviennent britanniques. Les Hollandais reprennent les territoires au sud de Singapour, en 1817, ce qui constitue plus tard l'actuelle Indonésie.

La Malaisie est envahie et occupée par le Japon pendant la Seconde Guerre mondiale. Les troupes de l'armée impériale japonaise se livrèrent à un très grand nombre d'exactions, faisant en particulier des dizaines de milliers de morts parmi la minorité chinoise.

En 1948, le Parti communiste malais, qui avait représenté le fer de lance de la résistance à l'occupation japonaise, se préparait à mener une guerre de libération contre l'occupation britannique. L’insurrection est toutefois matée après plusieurs années de sévère répression (les soldats coloniaux coupèrent les mains, voire la tête, des rebelles capturés, et déplacèrent un demi-million de personnes dans des camps de concentration). Dans le même temps, Londres promet l'indépendance à des dirigeants jugés modérés, qui élargissent leur base en jouant sur la défiance raciale à l'égard de la minorité chinoise[1].

La Malaisie actuelle résulte de l'entrée en 1963 des territoires britanniques de Bornéo devenus indépendants, Sabah et Sarawak, dans la fédération de Malaisie, elle-même devenue indépendante en 1957.

Le retrait de Singapour de la fédération de Malaisie, le 9 août 1965 fut pratiquement vu comme une partition de la Malaisie en deux états, par les observateurs étrangers, mais, à la différence de l'Inde, cette partition n'était pas religieuse, mais plutôt ethnique, avec la création de l'état de Singapour, majoritairement peuplé de Chinois, et la Malaisie, majoritairement peuplée de Malais musulmans, mais avec une forte minorité de Chinois. Avant 1965, les Chinois étaient aussi nombreux que les Malais, en Malaisie, Les deux parties n'arrivaient pas à s'entendre pour le partage du pouvoir entre Chinois et Malais, d'autant plus que les Malais étaient favorables à un régime monarchique, alors que les Chinois voulaient un régime républicain, ce qui laissait présager une grave guerre civile ethnique, expliquant largement le retrait de Singapour, en 1965.

Mahathir Mohamad est à l'origine de plusieurs projets économiques :

le constructeur automobile Proton ; le circuit de Formule 1 ; les tours jumelles de Petronas, les tours jumelles les plus grandes au monde (452 m, 200 ascenseurs), et le bâtiment le plus grand du monde de 1997 à 2003, qui sont devenus les symboles de la Malaisie moderne. Les tours Petronas peuvent résister à une séisme de magnitude 7,2 sur l'échelle de Richter ; l'aéroport le plus moderne du monde construit en 1998 ; la nouvelle capitale Putrajaya ; la nouvelle capitale de l'informatique et du multimédia, Cyberjaya.

Fortement frappée en 1997 par la crise monétaire (le PIB s'effondre de 7 %), la Malaisie choisit, à la différence des pays voisins de rejeter les recommandations du FMI et d'adopter une politique protectionniste. L’économie malaisienne se relève beaucoup plus rapidement que les économies indonésiennes ou thaïlandaises, avec une croissance de 5,4 % en 1999 et de 8 % en 2000[2].

Le sujet de la corruption est très sensible en Malaisie, notamment depuis le scandale 1MDB qui, en 2018, a contribué à la chute de l'ex-Premier ministre malaisien Najib Razak, inculpé pour corruption[3],[4]. Le principal chef d'orchestre de ce scandale, l'homme d'affaires Jho Low n'a toujours pas ete arrêté par les forces de l'ordre et habiterait en Malaisie même[réf. nécessaire]. Le fait que Razak ait été finalement envoyé en prison en 2022, et l'arrivée au pouvoir de Anwar Ibrahim cette même année avec la promesse de s'attaquer au fléau, font espérer un changement dans les mentalités[5] .