Djerban linnoitusta.

Antiikin kreikkalaiset kirjailijat tunsivat Djerban lootustensyöjien saarena. Theofrastos kutsui saarta nimellä Pharis ja Polybios nimellä Meninx. Saari on mahdollisesti myös paikka, johon Herodotos viittasi nimellä Phla. Saarella on harjoitettu laajamittaista maanviljelyä 300-luvulta eaa. ja alue kuului jo tuolloin todennäköisesti Karthagon valtakuntaan. Rooman valtakunnan aikana pääelinkeino saarella olivat oliivien ja oliiviöljyn tuotanto. Saarella on useita raunioita antiikin ajoilta. Jerusalemin piirityksen jälkeen saarelle saapui suuri joukko juutalaisia. Rooman valtakunnan valtaa seurasivat vandaalit ja heitä Bysantti, jolloin Djerbaa hallittiin Tripolista käsin. Vuonna 665 arabit valloittivat Djerban Ma'awiya bin Hudayjin johtamalla sotaretkellä Bysantin valtakuntaa vastaan, jonka jälkeen saari mainitaan useamman vuosisadan ajan historiallisissa lähteissä vain harvakseltaan.[1]

Al-Bakri mainitsi djerbalaisten harjoittavan merirosvoutta ja al-Idrisi mainitsee puolestaan paikallisten puhuvan ainoastaan berberiä. Ziridien kukistuttua djerbalaisten merirosvojen hyökkäykset Tunisian rannikolle ja kristittyjen maiden laivoja vastaan yleistyivät. Vuonna 1135 Sisilian normannikuningas Roger II:n amiraali Georgios Antiokialainen valtasi saaren. Normannit vakiinnuttivat asemaansa valtaamalla myös muita kohteita rannikolta. Abbasidit valtasivat saaren takaisin hetkellisesti vuonna 1284, mutta Pietari III:n joukot valtasivat sen takaisin. Vuonna 1289 kristityt rakennuttivat linnoituksen al-Kantaran salmelle roomalaisaikaiselle pengertielle. Linnoitus sijaitsi historiallisen Meninxin raunioilla. Paikalliset kapinoivat vuosina 1334-5 ajaen kristityt saarelta. Alfonso V yritti vielä seuraavalla vuosisadalla vallata saaren takaisin, mutta tällä kertaa kristityt epäonnistuivat. Muslimit rakennuttivat puolestaan oman linnoituksensa pohjoiseen Girban raunioiden lähettyville.[1]

1500-luvulla saari päätyi osmanien ja kristittyjen välisten taisteluiden kohteeksi. Saari oli annettu turkkilaisille tukikohdaksi kristittyjä vastaan ja Espanjan Pedro Navarro teki epäonnistuneen valtausyrityksen vuonna 1511. Vuonna 1550 saaresta tuli tunnetun merirosvo Turgut Reisin tukikohta. Turkkilaisten valtakaudella Djerbaa hallittiin vaihtelevasti Algerista, Tunisista ja Tripolista. Lopullisesti siitä tuli osa Tunisiaa Hammuda beyn valtakaudella 1631–59. Saaren asukasluku tällä kaudella oli noin 30 000 – 40 000. Tunisian turkkilaisten alaiset hallitsijat alkoivat nimittää Djerbaa johtamaan šeikkejä tai kaideja, joiden asemasta tuli lopulta periytyvä ja tiettyjen sukujen hallitsema. 1700-luvulla arabian kieli alkoi yleistyä saarella ja varhaisempi ibadilaisuus menetti asemansa maliki-koulukunnalle.[1]1800-luvulla Tunisian valtasivat ranskalaiset ja nykyisin saari on osa itsenäistä Tunisiaa.[2]