Ustez, antzina San Patriziok irlandar paganoak bataiatu eta kristautu ohi zituen putzu batean eraiki omen zen. Berez, katedrala San Patrizioren omenez V. mendean eraikitako eliz soil bat besterik ez zen. 1191. urtean eliza harriz berreraiki eta gaur egungo katedrala 1200-1270 bitartean eraiki zen. 1362 eta 1370 artean dorrea (Minot's Tower) eta mendebaldeko nabea gehitu zitzaizkion.

Ingalaterrako Erreforma Protestantea gertatu zenean, 1537an San Patrizio katedralak ere protestantismaren alde egin zuen, inguruko populazioak katoliko izaten jarraitu zuen arren. Hurrengo urteetan katolikoak nagusitu ziren eta San Patrizio katedralak katedral izateari utzi eta parrokia bihurtu behar izan zen. XVII menderako eliza erortzeko zorian zegoen lurra ezegonkorra izateaz gain uholdeak ere ohikoa izaten baitziren, eta lehenengo berriztatzen lanak egin ziren. Hala ere XIX mendean oraindik egoera eskasean jarraitzen zuen San Patrizio elizak.

Benjamin Guinnessek (Arthur Guinness garagadogilearen semeak) berriztatzen lanak ordaindu zituen 1860 eta 1865 artean eta 1871ean berriz ere Katedral Nazionala titulua eskuratu zuen, Trinitate Santuaren katedrala Dublingo katedral zen bitartean. Benjamin Guinnessen seme Edwardek San Patrizioren parkea sortu zuen katedralaren inguruan.