Estatua de Migjid Janraisig, de 26 m de alto.

El monasterio fue fundado oficialmente en 1835 con la construcción de su primer templo (aunque ya existían algunos edificios budistas en el lugar) por el quinto Jebtsundamba, el lama reencarnado de mayor nivel por aquel entonces. Se convirtió muy pronto en el centro principal de enseñanza budista de Mongolia y es posible decir que, aunque el asentamiento como tal existía desde mucho antes, el crecimiento como ciudad de Ulán Bator se debió a la presencia del monasterio: de un total de 25.000 habitantes 10.000 eran monjes a principios del siglo XX.

En la década de 1930, el movimiento comunista de Mongolia, bajo el liderazgo de Horloogiyn Choybalsan e influido por la Unión Soviética y Iósif Stalin, destruyó todos los monasterios del país excepto unos pocos y mató a más de 15.000 lamas.

Tras haber escapado a la tremenda destrucción el monasterio khiid de Gandantegchinlen fue cerrado en 1938 pero volvió a abrir sus puertas en 1944, a la vez que se permitió que siguiera funcionando como único monasterio budista activo de Mongolia con un personal mínimo como una pequeña muestra de respeto a la religión y a la cultura tradicional mongola. Tras el fin del marxismo en Mongolia en 1990 se levantó la prohibición sobre la libertad de culto. Véase Budismo en Mongolia para más detalles.

La estatua original y principal del templo, dedicada a Chenrezig y hecha por completo de cobre, fue creada tras un llamamiento para recaudar fondos entre el pueblo mongol en 1911. Se manejan dos teorías sobre el motivo de su construcción: la más sensacionalista dice que se fabricó con la esperanza de que sirviera como ofrenda para la recuperación de la vista de Bogd Javzandamba (octavo Jebtsundamba, conocido también como Bogd Khan y que había reclamado para sí el título de Emperador de Mongolia) que se estaba quedando ciego debido a la sífilis según los rumores;[1]​ la otra dice que fue creada para celebrar la independencia de Mongolia. El principal ministro de Bogd Javzandamba, Chin Wan Khanddorj, fue el encargado de la construcción de la estatua. Las tropas rusas desmontaron y trasladaron la estatua original en 1938 y su cobre se usó para fabricar casquillos y proyectiles. Tras el final de la era soviética se reconstruyó la estatua de Migjid Chenrezig en 1996, gracias una vez más a las donaciones del pueblo mongol y a contribuciones nepalíes y japonesas. Mide 26,5 m de alto y pesa más de 20 toneladas además de estar recubierta de pan de oro y adornada con 2.286 piedras preciosas y más de 100 kg de seda.

En ausencia del noveno Jebtsundamba, exiliado durante muchos años y solo recientemente ascendido de manera oficial a la posición de líder espiritual de los budistas mongoles,[2]​ la cabeza visible de los budistas de la secta gelug en el país era el abad de Gandantegchinlin y aún hoy en día sigue siendo una figura preeminente entre aquellos que gestionan y organizan a los monasterios budistas mongoles.

↑ Kohn, Michael (2006). Dateline Mongolia: An American Journalist in Nomad's Land (en inglés). Reino Unido: Roundhouse Publishing. p. 340. Consultado el 10 de febrero de 2012. «He was also renowned for his sexual predations, which led to syphilis and blindness ».  ↑ «Богдо-гэгэн IX Джебцзундамба-хутухта провозглашен главой Центра буддистов Монголии» (en mongol). 4 de noviembre de 2011. Consultado el 11 de febrero de 2012. «El noveno Jebtsundamba Kutuktu es consagrado como Bogd Gegeen (lama de mayor nivel) de los budistas mongoles ».