El monasterio es dedicado a Manjushri (en tibetano: འཇམ་དཔལ་དབྱངས། Wylie 'jam dpal dbyangs; en mongol, alfabeto cirílico: Зөөлөн эгшигт Zöölön egshigt, escritura tradicional: ᠵᠦᠭᠡᠯᠡᠨ ᠡᠭᠰᠢᠭᠲᠦ), el bodhisattva de la sabiduría. Fue fundado en 1733 por el monje Luvsanjambaldanzan como residencia permanente de la encarnación de este bodhisattva. En 1750 el líder espiritual mongol (bogd guegueen) Jebtsundamba Kutuktu lo tomó bajo su administración y protección personal. Con el paso del tiempo el monasterio iba creciendo, volviéndose en uno de los más grandes y más importantes centros monásticos del país, con 20 templos y más de 300 monjes. Las ceremonias religiosas a menudo involucraban a más de mil monjes. El monasterio era también hogar de muchas valiosas y raras escrituras budistas, incluyendo escrituras doradas sobre hojas de plata.

El 3 de febrero de 1921 el bogd guegueen solicitó refugio en el monasterio después de que los comunistas le hubieran liberado huyendo de las fuerzas leales al barón Roman Ungern von Sternberg. El bogd guegueen nombró al superior del monasterio, Manzushir Khutagt Sambadondogiin Tserendorj, primer ministro durante el gobierno títere de Ungern von Sternberg (de febrero a julio de 1921.[1]​

La suerte del monasterio cambió después de la revolución mongola de 1921. En los primeros años de la misma, Tserendorj colaboraba con el ya débil de la salud bogd guegueen, planeando acciones contrarrevolucionarias, incluyendo una llamada de ayuda al gobierno japonés.[2]​ Después de la muerte del bogd guegueen Jebtsundamba Kutuktu en 1924, los residentes del monasterio empezaron a sufrir continuas persecuciones de parte del régimen socialista que intentaba eliminar cualquier influencia y presencia del budismo en el país. En 1929–1930 todas las propiedades de Tserendorj se encontraban confiscadas por el estado. En 1936 empiezan las represiones estalinistas en Mongolia y Tserendorj fue uno de los 24 lamas arrestados por Horloogiyn Choybalsan, quien fue en aquel entonces el ministro del interior, por «pertenecer a grupos contrarrevolucionarios». En febrero de 1937 los últimos 53 lamas que todavía permanecían en el monasterio (de unos 50 – 60 años) fueron arrestados y la mayoría de ellos fusilados más tarde. Todos los 20 templos del complejo fueron destruidos. Las valiosas escrituras budistas fueron trasladados a la Biblioteca nacional de Mongolia. Después de largos años de juicio, en octubre de 1937 Tserendorj fue aclamado culpable y ejecutado públicamente en frente del teatro nacional (actualmente la plaza Sükhbaatar).[3]​

En los años 1990, poco después de la revolución democrática, empezaron las reconstrucciones de unos edificios del complejo. En 1992 los monjes ejecutados fueron rehabilitados oficialmente. Desde 1998 las ruinas del monasterio se encuentran bajo la protección del estado. Hasta el día de hoy solo el edificio principal ha logrado ser reconstruido y es ahora museo.