Algselt oli Mongoolias suur hulk väikesi mobiilseid kloostreid, kus laamad elasid jurtades ja kloostrid võisid ka aeg-ajalt asukohta vahetada.

Gandantegtšilen hijd rajati 1838. aastal Dalkha kõrgendiku jalamile eesmärgiga luua uus suur Suutra ja Tantra keskus Mongoolias. See kasvas suurimaks kloostri-kompleksiks Mongoolias, kus on omaette teaduskonnad meditsiini, astroloogia ja muude budistlike distsipliinide jaoks.

Gandantegtšileni esimese templi ehitas V Bogdo gegeen 1815–1841 V Lobzang Coldam Jigmed, (Blo-bzang-tshul-khrim-'jigs-med)(Chultem-Jigmid-Dambijantsan?). Ehitati tempel mongoli meistrite poolt ja katus sai kullatud. Samas templis on ka I Bogdo gegeeni Dzanabadzari kuju.

1835. aastal rajati esimene tempel V Jebtsundamba poolt.

1912 ehitati Avalokiteshvara tempel, milles asub Avalokiteshvara (Migjid Janraisig) kuju, mis on 25,6 meetrit kõrge. Originaali, mis asus algselt templis, võtsid maha kommunistid. Uue skulptuuri, mis pandi üles 1996. aastal, lasi ehitada praegune Mongoolia peaminister Nambarõn Enhbajar (sünd. 1958. aastal).

1938. aastal suleti Gandantegchinleng kommunistide poolt.

Gandantegchinlengis on üle 400 laama.