Los primeros signos de asentamientos permanentes en Micenas se fechan hacia 3000-2500 a. C.[1]​ Las primeras viviendas que se han hallado en la zona de Micenas fueron construidas hacia el 3000 a. C., aunque el poblado más importante de la región en aquella época era Lerna, pero quedó abandonado hacia el 2200 a. C. Varios siglos más tarde, en torno a 1900 a. C., los restos de cerámica minia indican que se empezó a producir la llegada de las tribus griegas a la región.[2]​

Las tumbas en fosa más antiguas halladas en Micenas suelen fecharse en los siglos xvii-xvi a. C., y se considera que se corresponden con una estructura monárquica que se hallaba ya en Micenas en este periodo, donde se advierte una importante presencia de elementos minoicos.[3]​[1]​

En fuentes del Antiguo Egipto, Micenas aparece mencionada como perteneciente al país de Danaya, junto a otros lugares griegos como Tebas, Nauplia, Mesenia, Citera y Élide, en una inscripción de la base de una estatua del templo funerario de Amenhotep III.[4]​

Entre 1350 y 1200 a. C. se desarrolló la época de mayor prosperidad de Micenas; es de entonces que se conservan el mayor número de restos arqueológicos, entre los que destacan las murallas ciclópeas y el palacio real. Está documentado en Micenas el uso del sistema de escritura conocido como lineal B, y por tanto se hablaba una forma arcaica del griego —el griego micénico—, al igual que en otras ciudades como Pilos, Tebas o Cnoso. Sin embargo, no es posible precisar cuál era la extensión del territorio controlado por Micenas ni determinar si los otros principados estaban o no subordinados a ella. Incluso se discute si la cercana Tirinto era dependiente de Micenas.[5]​

Hacia 1200 o 1150 a. C. los testimonios arqueológicos indican que el palacio sufrió una destrucción que supuso el fin de la hegemonía de Micenas. Las causas de este declive son objeto de debate entre los historiadores: tradicionalmente se han atribuido a una supuesta invasión de los dorios, pero también se han manejado otras teorías como la invasión de los Pueblos del Mar, revueltas internas o terremotos.[6]​ Hacia el año 1100 a. C. la ciudadela sufrió otra destrucción y fue abandonada.[1]​

El recuerdo del poder micénico permaneció en la mente de los griegos durante los siguientes siglos y, tras la Edad Oscura, los poemas épicos atribuidos a Homero, la Ilíada y la Odisea, preservaron la memoria del periodo micénico. En ellos se relatan sucesos ocurridos en torno a la guerra de Troya, en que una coalición de principados griegos liderados por el rey Agamenón de Micenas habría atacado y destruido Troya, y que, según la tradición, se habría desarrollado en torno al año 1200 a. C. A pesar de ser coherente con el contexto previo al fin de los palacios micénicos, su realidad histórica no ha sido probada.[7]​[8]​

A principios del período clásico, Micenas fue habitada de nuevo, aunque no llegó a recuperar su importancia anterior. Micenas luchó en las batallas de Termópilas y Platea, durante las guerras médicas.[9]​ En 468 a. C., las tropas de Argos, por temor a que los de Micenas les disputasen la supremacía en la región, atacaron la ciudad. Los habitantes de Micenas, tras ser derrotados en una batalla, se refugiaron tras sus muros y resistieron durante un tiempo. Finalmente, ante la superioridad de las fuerzas de los argivos y puesto que no fueron socorridos por los lacedemonios, la población de Micenas, vencida por el hambre, tuvo que abandonar la ciudad. Algunos fueron esclavizados por los argivos y otros pudieron refugiarse en Cleonas, Cerinea o Macedonia.[10]​[11]​

Posteriormente, en el periodo helenístico hubo una población en Micenas que debió de ser pequeña, pero llegó a contar con un teatro del que quedan restos junto a la llamada «tumba de Clitemnestra». En el siglo ii d. C., cuando la visitó Pausanias, el lugar estaba ya en ruinas.[1]​