Dentro de su término municipal, en los llamados Reales Chicos, se han hallado molinillos de mano (para metales), pertenecientes a las culturas fenicia y helénica. Aquí hubo, en otro tiempo, valiosas minas de oro y de plata, hoy esquilmadas. El nombre actual proviene del árabe Genna-Alwacir que quiere decir Jardines del Visir.

Tras la llegada de los Reyes Católicos, la población musulmana siguió residiendo en esta villa, aunque dicha convivencia se rompió a mediados del siglo XVI, tras una sangrienta rebelión. Después de la expulsión de los musulmanes, Genalguacil fue repoblado con cristianos venidos de otras zonas cercanas. Ya en el año 1856, la villa fue entregada en señorío al duque de Arcos, hasta que una ley suprimió estos privilegios medievales.