Den Grundstein der Andreaskirche soll der Legende nach der Apostel Andreas gelegt haben. Andreas kam im ersten Jahrhundert nach Christus den Dnepr entlang bis zu den Hügeln im heutigen Kiew. An der Stelle auf dem nach ihm benannten Hügel, wo heute die Kirche steht, segnete er die umliegenden Hügel und stellte ein Kreuz auf.

Im Jahr 1112 ließ Fürst Mstislaw I. hier die hölzerne Kreuzerhöhungskirche errichten, die bis 1560 stand. Danach stand der Platz leer und diente als Bollwerk der nahegelegenen Festung. Als Zarin Elisabeth Petrowna Romanowa bei ihrem Besuch 1744 die vielen Bettler an diesem Ort sah, befahl sie den Bau einer Hofkirche an der Stelle des Kreuzes zu Ehren des Apostels Andreas, der auch Patron des Zarenreiches war. Im September 1744 legte sie zusammen mit ihrem Liebhaber Alexei Grigorjewitsch Rasumowski drei Fundamentsteine auf dem Hügel nieder.

Nach der Weihe 1767 wurde die Kirche mehrfach renoviert, jedoch wurden keine wesentlichen Veränderungen vorgenommen. 1968 wurde ein Kirchenmuseum eingerichtet. Es enthält eine Ausstellung über die Geschichte des Bauwerks und das Schaffen seines Architekten Rastrelli.

1990–2018 hatten im Erdgeschoss die Geistliche Akademie und das Seminar der Ukrainischen Autokephalen Orthodoxen Kirche ihren Sitz.

Heute ist die Andreaskirche ein Bestandteil des Nationalen Denkmalschutzgebiets Kiewer Sophienkathedrale Hagia Sophia.

Am 18. Oktober 2018 beschloss das ukrainische Parlament, dass die St.-Andreas-Kirche dem Ökumenischen Patriarchat zur Nutzung übergeben wird.[1]