Die ersten bekannten Bewohner der Gegend waren diverse Indianerstämme wie die Ocuiltecos, die Otomí und die Matlazincas, die im ausgehenden 15. Jahrhundert von den Azteken unterworfen wurden; deren Reich ging jedoch ca. 50 Jahre später mit der Eroberung Tenochtitláns (1519–1521) durch Hernán Cortés unter. Im Gefolge der Conquistadoren kamen spanische Missionare; Malinalco wurde im Jahr 1533 dem Augustinerorden zugeteilt, der im 17. Jahrhundert durch die Jesuiten abgelöst wurde.