Der Hafen San Francisco ist ein großer Seehafen in der Bucht von San Francisco im Nordosten der Stadt. Betreiber ist die City and County of San Francisco.

Der Ursprung, Fisherman’s Wharf, entstand Mitte des 19. Jahrhunderts als Fischerhafen und ist heute eine der Haupttouristenattraktionen der Stadt. Noch heute wird dieser als Fischereihafen benutzt. Im Hafen wird heute überwiegend der internationale Seehandel abgewickelt.

Ein Teil eines ehemaligen Hafengebietes ist der San Francisco Maritime National Historical Park.