1077 wird von Gebhard (1010–1088) mit dem Bau eines Wohnturmes – der heute noch den Kern des Hohen Stockes darstellt – einer kleinen Kirche und eines kleinen Wohngebäudes samt zugehörigem Mauerring begonnen. Da Gebhard jedoch im Zuge des Investiturstreites ins Exil musste, wurde dieser Bau erst unter dem vom Kaiser eingesetzten Gegenerzbischof Berthold von Moosburg und unter Erzbischof Konrad von Abenberg (1106–1147) beendet.

Vom 12. Jahrhundert bis zum 14. Jahrhundert wurde durch die Anlage des äußeren Befestigungsrings schon weitgehend die heutige Ausdehnung der Burg festgelegt.

1462 wird unter Burkhard II. von Weißpriach (1461–1466) die Ringmauer durch vier Türme (Glockenturm, Trompeterturm, Krautturm, und Schmied- oder Arrestantenturm) verstärkt, der östliche Aufgang über den Nonnberg durch eine meterdicke Mauer geschützt und die Südseite der Burg durch eine Bastei befestigt.

Unter Weißpriachs Nachfolger Bernhard von Rohr (1466–1481) erfolgte ab 1479 die Erhöhung der alten Ringmauer und die Anlage des sogenannten Schlangengangs, die zur Verteidigung nach Osten zum Nonntal und zum Stift Nonnberg hin diente.

Johann III. Beckenschlager (1481–1489) ließ den „Hohen Stock“ zu einem viergeschossigen Wohnbau ausbauen. Hinzu kamen das erste Zeughaus sowie der Schüttkasten. An diesem findet man heute noch das Wappen von Beckenschlager – der älteste auf der Festung Hohensalzburg noch vorhandene Wappenstein.

Leonhard von Keutschach (1495–1519) baute die Festung zwischen 1495 und 1519 weiter aus und setzte in Zeiten wachsender Kriegsgefahren damit ein sichtbares Zeichen seiner Macht. Er ließ den Hohen Stock im zweiten und dritten Obergeschoss ausbauen und ihn um das Stockhaus erweitern, das an der Stelle der früheren Kapelle errichtet wurde. Im Laufe seiner Regentschaft wurde die Festung ein vornehmer spätgotischer Regierungssitz, wie die prunkvollen Fürstenzimmer auch heute belegen.

Zur Verbesserung der Wasserversorgung im Belagerungsfall ließ der Erzbischof eine neue große Zisterne anlegen und einige bestehende Türme erhöhen. Auch der Reißzug, heute die weltweit älteste erhaltene Standseilbahn, der Kuchlturm und die Bäckerei sowie mehrere Tore (Rosspforte, Schleuderpforte) und das Gebäude an der Höllenpforte entstanden unter Leonhard von Keutschach (oder von dessen Vorgänger). Als markantestes Werk gilt die – ähnlich einer überdimensionierten Spieluhr – mit einer Walze betriebene Orgel im Krautturm, der Salzburger Stier. Er ist heute weltweit das älteste betriebene Orgel-Hornwerk.

Die Mittel für die rege Bautätigkeit kam wesentlich aus dem Salzbergbau am Dürrnberg bei Hallein, aber auch aus dem Bergbau in den Tauern. 1555, in der Blütezeit des Goldbergbaus, betrug die Jahresproduktion immerhin knapp 831 kg. Die oft aus dem Norden Deutschlands geholten erfahrenen Bergknappen bildeten in den folgenden Bauernkriegen eine starke Keimzelle des Widerstandes gegen die erzbischöfliche Macht.

Unter Matthäus Lang von Wellenburg (1519–1540) erreichten diese Bauernaufstände ihren Höhepunkt. Vom 5. Juli bis zum 31. August 1525 belagerten Bauern und Bergknappen den Fürsterzbischof in seiner Festung. Diese Auseinandersetzung bildet die größte Herausforderung für die Festung Hohensalzburg in ihrer 900-jährigen Geschichte. Die Festung jedoch blieb uneinnehmbar.

Für Wolf Dietrich von Raitenau (1587–1612) war der Ausbau der Festungswerke wenig bedeutsam, als Bauherr widmet er sich vor allem seinen vielfältigen Baumaßnahmen in der Stadt. Dennoch wurde die Burg sein Schicksal. Von seinem Nachfolger Markus Sittikus von Hohenems (1612–1619) wurde er hier bis zu seinem Lebensende gefangen gehalten.

Paris von Lodron (1619–1653) ließ in der Zeit des Dreißigjährigen Krieges die Stadt Salzburg beiderseits der Salzach mit neuen weiträumigen Wehranlagen befestigen; die Burg Hohensalzburg im Süden der Stadt wurde damals zur neuzeitlichen Festung ausgebaut. So entstanden in seiner Regierungszeit die mächtigen Hasengrabenbasteien samt dem Zeughaus und die ausgebauten Nonnbergbasteien. Ebenso ließ er zum Schutz vor der stärker gewordenen Artillerie den Ersten Sperrbogen (Lodronbogen) und weitere mächtige Vorbauten wie das Vorwerk „Katze“ samt den beiden Schartentoren und dem Sperrwall an der Scharte anlegen oder erheblich ausbauen. Er verstärkte auch alle Wehrmauern, die die Festung mit der Stadt Salzburg und dem Mönchsberg verbanden.

Unter Max Gandolf von Kuenburg (1668–1687) entstand 1681 die 30 m hohe und mehrere Meter dicke Feuerbastei (auch Kuenburgbastei genannt) an der Nordseite als jüngster großer Wehrbau der Festung.

Nach einem Inventar von 1790 enthielt die Rüstkammer damals über 100 vollständige Reiterrüstungen, über 1100 Brustharnische, Spieße und Helmbarten. Außerdem gab es 415 Mörser, 460 eiserne und 130 bronzene Kanonen. Allerdings waren viele davon wohl damals bereits militärisch veraltet.

Während der Napoleonischen Kriege leistete die Stadt den einrückenden Franzosen keinen Widerstand, die Festung wurde den Franzosen kampflos übergeben. Daher musste diese Burg auch nicht auf Anordnung der Franzosen geschleift werden und blieb, im Gegensatz zur Burg am Grazer Schloßberg, erhalten.

Wegen der anschließenden Verwahrlosung und eines Brandes von 1849 musste 1851 eine umfangreiche Restaurierung erfolgen, die sich in erster Linie auf die Innenräume bezog. In den darauffolgenden Jahren wurde die Festung schließlich als Depot und als Kaserne verwendet. 1861 wurde Hohensalzburg von Franz Joseph I. als Festung aufgegeben, aber weiter als Kaserne genutzt.

1892 erfolgte aus touristischen Gründen der Bau der Festungsbahn zur Hasengrabenbastei, die zuerst mit Wasserkraft betrieben worden war. Dabei wurde das ehemalige Wohnhaus Michael Haydns zerstört. In den Jahren 1951 bis 1981 erfolgte eine aufwändige statische Absicherung der gesamten Anlage. Die Burg, ehemals Eigentum des Fürsterzbischofs, gehört seit 2016 dem Land Salzburg.[1]

Als Wahrzeichen der Stadt Salzburg wird sie in erster Linie touristisch genutzt.