Entdeckt wurde die Höhle im Jahre 1879 vom Salzburger Naturforscher Anton Posselt. Ihm gelang es damals, circa 200 m in das Höhleninnere vorzudringen. Weiter konnte er nicht mehr. Die Eisdecke wurde zu steil für ihn; seine Ausrüstung war zu schlecht. Seinen Umkehrpunkt markierte er mit einem schwarzen Kreuz am Felsen, dem Posselt-Kreuz. Nachher wurde die Höhle wieder weitgehend vergessen.

Im Jahre 1913 gelang es einigen Forschern, Alexander von Mörk, Erwin Angermayer und Hermann Rihl, das steilste Stück der Eisdecke, den Großen Eiswall, zu bezwingen. Alexander von Mörk war zudem auch der erste Forscher, der es wagte, den Sturmsee, einen kleinen Durchgang, der damals unter Wasser stand, zu passieren. Dahinter entdeckte er eine riesige Halle, die später nach ihm benannt wurde. 1914 musste Alexander von Mörk in den Ersten Weltkrieg ziehen. Dort fiel er dann im Alter von 27 Jahren. Sein letzter Wille war es, in der Eisriesenwelt begraben zu werden. Dieser Wunsch wurde ihm erfüllt und er wurde Mitte der 1920er Jahre im von ihm entdeckten Alexander-von-Mörk-Dom beigesetzt.

Nach dem Ende des Ersten Weltkriegs trieb der Salzburger Rechtsanwalt Friedrich Oedl (1894–1969) die Forschung ab 1919 voran, wobei er durch seinen Bruder Franz Robert Oedl sowie Leopoldine Fuhrich unterstützt wurde. Er errichtete die erste Unterkunft, das Forscherhüttl.[1]

Grundeigentümer der Eisriesenwelt sind die Österreichischen Bundesforste. Mit ihnen hatte der Salzburger Verein für Höhlenkunde eine vorläufige Pacht vereinbart, die 1928, nach Gründung einer eigenen Eisriesenwelt-Gesellschaft m.b.H. (deren erster Geschäftsführer Oedl war),[1] in einen langfristigen Vertrag überging. Später wurde Erwin Angermayer Geschäftsführer. Die Einkünfte dienen Erforschung und Erschließung der Höhle, die Bundesforste (als Grundeigentümer) erhalten einen jährlichen Prozentsatz der Eintrittsgelder.