Der Großteil der Stadt wurde zwischen dem 11. und 16. Jahrhundert errichtet, wenngleich die eigentlichen Ursprünge älteren Datums sind. Die geschätzte Bevölkerungsgröße betrug zu Hochzeiten 2.000–8.000 Angehörige des indigenen Volkes Tairona, die die Stadt kurz nach der Ankunft der Spanier wegen der Ausbreitung von Seuchen aufgeben mussten. Die Spanier selbst haben trotz des Handels mit den Tairona die Stadt nie betreten.

Anfang der 1970er Jahre wurde die „verlorene Stadt“ durch Grabräuber wiederentdeckt und auf der Suche nach Kunsthandwerk bzw. Goldschmuck geplündert. Während der „Blütezeit“ (1960–1980) des Hanfs wurde in der Region auf den Plattformen der Stadt Marihuana angebaut. Im Jahr 1973 führte das Instituto Colombiano de Antropología (ICAN) Erkundungen in der Sierra Nevada de Santa zur Erforschung der Tairona-Kultur durch und wurde auf diese Missstände aufmerksam.[1] 1976 entsandte die kolumbianische Regierung eine archäologische Expedition, bei der die (Folge-)Schäden an den Fundamenten durch illegale Grabungen dokumentiert wurden. Insbesondere das Unterspülen der Mauern durch die entstandenen Versickerungsmulden stellte eine massive Gefahr für die Stabilität der Bauten dar.[2] Das Institut führte Maßnahmen zum Schutz vor weiterer Zerstörung und zur Reparatur der Ciudad Perdida durch.[3] Unter der Leitung von Gilberto Cadavid wurden in einem dreiteiligen Projekt von 1986 bis 1993 Treppen und Wege von Schlamm, Erde und schädigender Vegetation befreit (biotische Verwitterung), sowie kollabierte Mauern wieder in der ursprünglichen Bauweise ohne Mörtel in Stand gesetzt. Weitere Projekte folgten in den 2000er Jahren.[4] Heute befindet sich in der Stadt ein permanenter archäologischer Stützpunkt. Einen kleinen Teil der übrig gebliebenen Fundstücke kann man in Cartagena im Museo de Oro und in Santa Marta im dortigen Museo de Oro sehen.