La construcció del monestir es va iniciar quan Ramon Borrell va vendre a l'abat al 992 el domini sobre el barri de Sant Pere. A l'any següent, el cenobi va rebre una important donació del testament del mateix comte. L'any 1117, Ramon Berenguer III va unir Sant Pere amb el monestir francès de Santa Maria de la Grassa encara que va seguir conservant abat propi. Encara que la unió va continuar, un segle més tard era merament nominal.[1] El 1131 s'emprengué la construcció de la nova església. Inicialment, l'abadia era situada extramurs de la ciutat, vora el riu Galligants, però més tard restà integrada dins el recinte murallat del segle xiv, del qual formaven part els seus absis i campanar.[2]

El control dels abats sobre el barri va finalitzar en el 1339 quan Pere III va recuperar els drets reals.[3]

A partir del segle xv l'activitat del monestir va començar a decaure. L'any 1592, recuperada la seva independència respecte del monestir de la Grassa, va quedar unit als monestirs de Sant Miquel de Cruïlles i el de Sant Miquel de Fluvià que també es trobaven en decadència. La unió no va servir per a incrementar l'activitat monàstica en cap dels tres cenobis. Sant Pere contava el 1835, data en la qual es va produir la seva exclaustració, amb un abat i quatre monjos. Fou desamortitzada el 1835, i el 1870 s'hi instal·là el Museu Arqueològic, que ocupa encara unes dependències superiors del claustre.[2]

No s'ha conservat la pica romànica. Es pensa que fou destruïda durant la invasió napoleònica.[2]