Al lloc on avui dia se situa el museu, s'hi va emplaçar originàriament la darrera sinagoga del Call gironí, de la qual s'han recuperat algunes parts entre 2012 i 2015, com és el cas del bany ritual o micvé. Després que el Decret de l'Alhambra ordenés l'expulsió dels jueus, a partir de l'any 1492 l'edifici va ser venut i des de llavors va anar passant a mans privades fins a la dècada dels anys 80 del segle xx, moment en què s'inicià el procés de rehabilitació.

Durant els anys vuitanta, l'activista cultural gironí Josep Tarrés va impulsar la recuperació del call de Girona des del centre Isaac el Cec, ubicat als espais de l'actual museu.[1] A començaments dels anys 1990, l'Ajuntament de Girona i el Patronat del Call de Girona van considerar necessària la creació d'un centre d'estudis i d'una entitat museística que s'encarregués de recuperar, estudiar i donar a conèixer la memòria col·lectiva de la comunitat jueva al territori català i a la mateixa ciutat de Girona.

El projecte arquitectònic va comptar amb dues fases: el mes de juliol de l'any 2000 s'inaugurava una primera fase de les sales del museu,[2] i el desembre de 2012 s'habilitava un espai dedicat a les exposicions temporals, a la planta baixa de l'edifici. Des de l'any 2003, Sílvia Planas passà a ocupar el càrrec de directora del museu.