Hi ha proves de presència humana a la vall del Nil des del paleolític com ara artefactes i petròglifs a les vores del Nil i als oasis del desert. El 10000 aC, una cultura de caçadors-recol·lectors i pescadors reemplaçaren una cultura anterior que molia grans. Els canvis climàtics o l'excés en l'ús de les àrees pastorals dessecaren les àrees verdes, formant el Sàhara. Les tribus antigues començaren a emigrar al riu Nil, on desenvoluparen una economia agrícola i una societat més centralitzada.[1]

Al voltant del 6000 aC, ja havien aparegut a la vall del Nil l'agricultura organitzada i la construcció d'edificis de gran magnitud. Durant el neolític, diverses cultures predinàstiques s'hi desenvoluparen de manera independent a l'Alt i Baix Egipte. La cultura badariana i els successors de Naqada són considerats els precursors de la civilització dinàstica egípcia. Tot i que s'havien format altres comunitats al nord que coexistien amb les comunitats de l'Alt Egipte, romangueren culturalment separats, però units per mitjà del comerç. L'evidència més antiga dels jeroglífics egipcis aparegué durant el període predinàstic a Naqada, a prop del 3200 aC.[2]

Es formà un regne unificat a prop del 3150 aC pel rei Menes, inaugurant una sèrie de dinasties egípcies que governaren Egipte per tres mil·lennis. A partir de llavors, els egipcis es referien al seu país unificat com a tawy, que vol dir "dues terres" i després com a kemet, la "terra negra" en referència als dipòsits de terra fèrtil negra del riu Nil. La cultura egípcia florí durant aquest període, única en la seva religió, l'art, la llengua i els seus costums. Les primeres dues dinasties de l'Egipte unificat prepararen el període del Regne Antic, c. 2700 al 2200 aC, conegut per les seves piràmides, sobretot la piràmide de Djoser de la tercera dinastia i les piràmides de Gizeh de la quarta dinastia.

El Primer Període Intermedi d'Egipte començà en un temps d'agitació política. Les abundants inundacions del Nil i l'estabilització del govern, tanmateix, permeteren la prosperitat del país durant el Regne Mitjà c. 2040 aC en què destacà el regnat del faraó Amenemhet III. Un segon període de desunió, conegut com el Segon Període Intermedi, fou herald de la primera dinastia estrangera, del poble semita dels hiskses. Els invasors hikses prengueren la major part del Baix Egipte a prop del 1650 aC i fundaren una nova capital a Avaris. Foren fets fora per una força de l'Alt Egipte encapçalada per Amosis I que fundà la 18a dinastia i mogué la capital de Memfis a Tebes.

El Nou Regne (c.1550−1070 aC) començà amb la 18a dinastia la qual protagonitzà l'Egipte com a potència i que estengué l'imperi fins a Jebel Barkal a Núbia i incloïa diverses regions del Llevant a l'est. Aquest període és famós pels faraons Hatshepsut, Tuthmosis III, Akhenaton i la seva esposa Nefertiti, Tutankamon i Ramsès II. Les primeres expressions monoteistes sorgiren en aquest període en l'atenisme. Els contactes freqüents amb altres nacions portaren noves idees al Nou Regne. El país fou envaït posteriorment pels libis, nubians i assiris, però els egipcis els feren fora i prengueren de bell nou el control del seu país.

La 30a dinastia fou l'última dinastia nadiua a governar durant el període faraònic; Egipte caigué en mans dels perses el 343 aC, amb la derrota de l'últim faraó nadiu, Nectabeu II. Després Egipte passà a mans dels grecs i després dels romans. Així començà un període de dominació estrangera de més de dos mil anys.

Abans que Egipte es convertís en part de l'Imperi Romà d'Orient, el cristianisme hi havia estat portat per Sant Marc l'evangelista, el primer segle dC.[3] El regne de Dioclecià marcà la transició de l'Imperi Romà a l'Imperi Romà d'Orient a Egipte, acompanyat d'un gran nombre de cristians egipcis. El Nou Testament ja havia estat traduït a l'egipci. Després del Concili de Calcedònia el 451 dC, s'establí fermament l'Església Copta Egípcia.[4]

Els romans pogueren reprendre el control després d'una breu invasió persa al començament del segle vii, però el 639 fou envaïda pels àrabs musulmans, que hi portaren el sunnisme. Vegeu Egipte (província del Califat).

En aquest període els egipcis començaren a combinar llur nova fe amb llurs creences i pràctiques nadiues que havien sobreviscut a través del cristianisme copte, i així sorgiren les ordres del sufisme que han sobreviscut fins ara.[5] Els governadors musulmans, anomenats pel califat islàmic controlaren Egipte durant els sis segles següents, incloent-hi un període en què fou seu del califat sota els fatimites. Amb la fi de la dinastia aiúbida els mamelucs, una casta militar turca-circassiana, prengué el control del país el segle xiii. Continuaren governant fins a la conquesta d'Egipte pels turcs otomans el 1517.

L'estiu de 1798 Napoleó Bonaparte va dirigir una campanya sobre Egipte, ocupant algunes zones, però va ser incapaç de transportar el seu exèrcit de tornada a França per mar després de perdre la batalla del Nil contra Nelson el 3 d'agost, havent d'abandonar tots els territoris ocupats. Després d'aquesta invasió de curta durada (un parell de mesos), els egipcis tingueren l'oportunitat de practicar una certa autonomia.[6]

Un cop evacuades les tropes franceses, van esclatar unes guerres civils entre els turcs otomans, els mamelucs i els mercenaris albanesos, a la fi de les quals el 1866, es fundà l'Assemblea de Delegats com a institució de consell per al govern. Els membres de l'Assemblea foren elegits de totes les regions d'Egipte i tingué una influència significativa en les decisions governamentals.[7] Després de la construcció del Canal de Suez el 1869, Egipte es convertí en un centre mundial de comerç i transportació.

Tanmateix, el país s'endeutà severament amb les potències europees. Com a resultat, el Regne Unit prengué el control del govern d'Egipte el 1882 per poder protegir els seus interessos financers, especialment els interessos sobre el Canal de Suez, governat per la Convenció de Constantinoble de 1888. El 1885 l'albanès Muhàmmad Alí Paixà fou designat com el virrei otomà prenent control teòric d'Egipte. Dirigí una campanya de modernització i d'obres públiques que incloïa diversos projectes d'irrigació, reformes agràries i la industrialització, que el seu successor Isma'il Pasha continuà i estengué.[8]

Poc després de la intervenció política, el Regne Unit envià tropes a Alexandria i a la zona del canal prenent avantatge de la debilitat militar d'Egipte. Amb la derrota de l'exèrcit egipci en la Batalla de Tel el-Kebir, les tropes britàniques arribaren al Caire i destituïren el govern nacionalista i les forces armades egípcies. Tècnicament, Egipte continuà com a província otomana fins al 1914, any en què el Regne Unit formalment declarà un protectorat sobre Egipte i destituí l'últim khedive Abbas Hilmi II. El seu oncle, Hussein Kamal fou designat com a sultà.[9]

Entre 1882 i 1906 es començà a formar un moviment nacionalista per la independència. L'incident de Dinshaway motivà els egipcis a prendre accions més directes en contra de l'ocupació britànica. Es fundaren els primers partits polítics. Després de la Primera Guerra Mundial, Saad Zaghlul i el Partit Wafd dirigiren el moviment nacionalista egipci i aconseguiren la majoria de l'Assemblea Legislativa local. Quan els britànics exiliaren Zaghlul i els seus associats el 8 de març, 1919, el país s'aixecà en la seva primera revolució moderna. El Regne Unit declarà la independència unilateral d'Egipte el 22 de febrer, 1922.[10]

El nou govern egipci escrigué i promulgà una nova constitució el 1923 basada en el sistema parlamentari de representació. Saad Zaghlul fou elegit com a primer ministre d'Egipte el 1924. El 1936 se signà el Tractat anglo-egipci de 1936.[11] La inestabilitat del govern, causada pels romanents del control britànic i la influència del rei obriren pas a un cop d'Estat que destituí la monarquia i dissolgué el parlament, esdeveniment conegut com la revolució egípcia de 1952. Els militars en el Moviment dels Oficials Lliures, forçaren el rei Faruk I a abdicar a favor del seu fill Fuad II. El 18 de juny, 1953, es declarà la República d'Egipte, i el general Naguib, que seria titllat de dictador i eliminat del poder pel consell de la revolució. Gamal Abdel Nasser prengué el poder com a president i declarà la independència plena d'Egipte del Regne Unit el 18 de juny de 1956.

La nacionalització del canal de Suez que emprengué Nasser el 26 de juny de 1956, provocà una crisi política però hi permeté la llibertat de navegació excepte per a Israel que consideraren el gran enemic d'Egipte i que s'havia constituït com a Estat independent el 1948. El 1958 l'Egipte, i a instàncies dels sirians, es fusionà amb Síria per formar la República Àrab Unida, presidida pel mateix Nasser i capdavantera del panarabisme.[12] Tanmateix, Síria se'n separà el 1961. El 1964 es promulgà una nova constitució que nacionalitzà el 90% de les empreses i creà un partit únic, la Unió Socialista Àrab.

Després de derrota en la Guerra dels Sis Dies en què Israel havia envaït i ocupat el Sinaí Nasser presentà la seva renúncia, que l'Assemblea l'obligà a retirar. Tres anys després, Nasser morí i fou succeït per Anwar Sadat. Sadat canvià la política exterior, anteriorment aliat a la Unió Soviètica, i s'apropà als Estats Units i expulsà els consellers soviètics el 1972. Inicià una política de reforma econòmica coneguda com la Infitah, i alhora prengué accions dràstiques en contra de l'oposició religiosa i secular.

El 1973 Egipte amb Síria iniciaren la Guerra del Yom Kippur, un atac sorpresa en contra de les forces israelianes que ocupaven la península del Sinaí i les Alts del Golan des de la Guerra dels Sis Dies. Tots dos, els Estats Units i la Unió Soviètica hi intervingueren i aconseguiren un cessament al foc. Tot i que no fou un èxit militar, la majoria dels historiadors afirmen que la Guerra del Yom Kippur fou una victòria política per a Sadat que li permeté recuperar el Sinaí després a canvi de signar la pau amb Israel el 1979, després d'una visita històrica. Aquesta iniciativa de Sadat provocà una gran controvèrsia en el món àrab, per la qual Egipte fou expulsat de la Lliga Àrab, tot i que tenia el suport de la gran majoria dels ciutadans egipcis.[13] Sadat fou assassinat per un soldat fonamentalista religiós al Caire el 1981. Fou succeït per Hosni Mubarak. Des de 1991, Mubarak ha emprès diverses accions ambicioses de reforma econòmica per tal de reduir el sector públic i expandir el sector privat; tanmateix, no hi ha hagut un procés paral·lel de reforma política.

La Revolta popular del 2011 va ser un seguit de manifestacions al carrer, protestes i actes de desobediència civil que van començar el 25 de gener del 2011 i que es van difondre per tot el país. Les manifestacions i els disturbis van ser duts a terme per diversos grups socials i s'inspiraren principalment en la Revolució del Gessamí de Tunísia. Les manifestacions i revoltes van ser espontànies i una resposta a l'excés de brutalitat policíaca, a les lleis d'emergència de l'estat, a les altes taxes d'atur, al desig d'augmentar el salari mínim, a la manca d'habitatges i aliments, la inflació, la corrupció, la mancada de llibertat d'opinió i les pobres condicions de vida.[14] L'objectiu dels protestants és la dimissió del president Hosni Mubarak, qui ha estat en el poder més de 30 anys.[15] Mubarak va dimitir l'11 de febrer del 2011.[16]

El 3 de juliol del 2013, l'exèrcit va donar un nou cop d'estat, derrocant el poder dels Germans Musulmans i de Mohamed Mursi, el primer president elegit democràticament a Egipte.[17] Ni l'Organització de les Nacions Unides ni els Estats Units van condemnar els fets.[18] Els membres del nou govern de l'exèrcit egipci, encapçalat per l'economista Hazem el-Beblawi, van suspendre la Constitució i van fer centenars de detencions dels partidaris del president derrocat.[19] El 14 d'agost del 2013 l'exèrcit va matar a centenars de partidaris del president derrocat en un assalt policial. L'endemà, el Ministeri de Sanitat egipci va confirmar almenys 525 morts i 3.717 ferits, mentre que els Germans Musulmans denunciaven més de 4.000 morts.[20]