L'indret ja havia estat ocupat en l'època romana des de començaments del segle i aC.[1]

Ja a l'edat mitjana, el lloc fou conquerit pel comte de Besalú, Oliba Cabreta, que hi edificà un primer castell cap al 980. El 1070, es menciona el castell en català com a Perapertusès.[1]

Més tard sota el domini dels comtes de Barcelona el castell esdevingué feu del vescomtat de Narbona (1111), que el reedificaren i feren consagrar l'església (1115). En l'època de la croada albigesa, fou feu de Guillem de Perapertusa, excomunicat el 1224 després del fracàs del setge de Carcassona.

El 1240 el castell passà al rei de França Sant Lluís que dos anys més tard feu construir l'escala que avui dia porta el seu nom i una torrassa que edificà al punt més alt i que anomenà Sant Jordi. Mentre, els antics senyors de Perapertusa es retiraven al Rosselló.

Amb el tractat de Corbeil (1258), Perapertusa és una de les fortaleses més avançades a la frontera del regne d'Aragó. Durant la guerra entre Felip l'Ardit i els catalans, el 1285, el castell serà la residència forçada de nobles de Perpinyà. El 1355 torna a ser un castell defensiu i el 1367 Carles V, rei de França, permet a Enric de Trastàmara, pretenent a la corona de Castella, que s'hi refugiï després de la derrota de la Batalla de Nàjera.

L'any 1542, Jean de Graves, sobirà de Serinyà, s'apodera del castell en nom de la reforma, però és apressat i executat junt amb quatre còmplices. A partir de la desclassificació com a plaça fronterera del tractat dels Pirineus (1659), el castell ja no té cap rellevància estratègica.