На початку своєї історії Пер-Лашез не називався своїм теперішнім ім'ям, а був просто жебрацьким районом з непримітними вулицями[1]. Квартал знаходився на задвірках середньовічного Парижа, на старому пагорбі «Champ l'Evèque». У 1430 році заможний купець побудував тут собі особняк, який згодом перетворився на власність монастиря. Потім земля й Шарронський пагорб, на якому з'явився цвинтар, опинилися у власності ордену єзуїтів, а місцевість зберегла ім'я одного з отців цього ордену Франсуа де ла Шеза (1624–1709), який був духовним наставником і сповідником Людовика XIV. Дружбу короля й ченця орден використовував з корисливою метою, розширюючи та упорядковуючи свої володіння. Чернечий сад з фонтанами, рідкісними рослинами, оранжереєю, гротами і водоспадами перетворився на місце романтичних зустрічей аристократії. Після смерті Людовика орден збанкрутував, а чернечі землі були конфісковані й продані з аукціону. Альтанки, гроти й водоспади було знесено або скопано, а сад переплановано в англійському стилі. На місці єзуїтської обителі було збудовано каплицю.

Ділянку на пагорбі, яка мала площу близько 17 гектарів, біля кварталу Бевіль, де жили переважно нижчі верстви населення, було придбано містом Парижем у приватних власників у 1804 році. Покупці згодом примудрилися навіть продати ділянку під поховання колишнім власникам землі за значно більшу суму, ніж та, що була сплачена за всю територію в цілому[1].

Спочатку цвинтар розташовувався далеко від тодішніх меж міста й привертав мало клієнтів. Щоб виправити становище, влада й зокрема Ніколя Фрешо, проєктувальник, який зробив значний грошовий пай, вирішили додати Пер-Лашез популярності й перепоховали тут останки Жана де Лафонтена і Мольєра. Потім, у 1817 році, сюди перевезли останки П'єра Абеляра та його учениці Елоїзи. Це принесло свої плоди: до 1824 року кількість постійних «мешканців» Пер-Лашез зросла з кількох десятків до 33 тисяч. Протягом 200 років тут ховали видатних діячів культури, науки й мистецтва, які зробили внесок в історію Франції. Усього на кладовищі поховано понад 1 000 000 осіб, не рахуючи тих, чий прах лежить у колумбарії.

Однією з визначних пам'яток Пер-Лашез стала Стіна комунарів, біля якої в травні 1871 року були розстріляні 147 комунарів Паризької комуни.