São João da Pesqueira (portugisiskt uttal:  [sɐ̃w ʒuˈɐ̃w dɐ pɨʃˈkɐjɾɐ] (lyssna)) är en kommun och kommunsäte i Portugisiska distriktet Viseu. Befolkningen i kommunen 2011 var cirka 7 874 invånare, i ett område som sträcker sig 266,11 kvadratkilometer (102,75 sq mi). Den nuvarande borgmästaren är Manuel Cordeiro, vald av en medborgarrörelse. Kommunalhelgen är den 24 juni.