Nomader kom till oasen under den geologiska epoken Pleistocen då Saharas klimat var fuktigt och hade sjöar och sumpmarker. När klimatet förändrades blev Sahara en helt uttorkad öken med mindre än 50 mm regn per år. Nomadiska jägare-samlare kan ha bosatt sig här i början av den (nu pågående) epoken Holocen under nya men sällsynta blöta perioder. Även i det torra klimatet hade Dakhlas första invånare tillgång till ytvattenkällor från den södra Libyska öknen som har världens viktigaste underjordiska vattenförråd.

Dakhlaoasen har varit kontinuerligt bosatt sedan 8000 f.Kr. men har bara varit politiskt bunden till Nildalens faraoniska makt sedan cirka 2500 f.Kr., under det forntida Egyptens Mellersta rike.[1] Landskapet förändrades när folket från Nildalen flyttade in och förde med sig nya grödor och odlingsmetoder. Befolkningen växte i de grekiska och romerska perioderna. Då etablerades också flera betydande städer. Området blomstrade under den kristna perioden och vidare in i den Islamiska medeltidsprioden. Utvecklingen gick tillbaka något under den Osmanska tiden.[2]

Archibald Edmonstone (1795-1871) var den första europeiska resenären som nådde Dakhlaoasen (år 1819). Tre år senare gav han ut boken A Journey to Two of the Oases of Upper Egypt. År 1908 kom den förste egyptologen. Det var amerikanen Herbert Winlock (1884-1950). Han gjorde anteckningar om monumenten som i någon grad var systematiska. Detaljerade studier inleddes på 1950-talet av den egyptiske arkeologen Ahmed Fakhry (1905-1973). The Dakhla Oasis Project och Institut Français d'Archéologie Orientale började båda arbeta i Dakhla på 1970-talet.[3]