Według legend pierwsza świątynia powstała w roku 616 na miejscu, które nazywano wówczas Thorney Island. Datę powstania pierwszego klasztoru należy jednak przenieść w okolice roku 800.

Prawie 250 lat później Edward Wyznawca, który z powodów politycznych nie mógł dotrzymać ślubów udania się na pielgrzymkę do Rzymu, w zamian za zwolnienie z tych ślubów, zgodnie z sugestią papieża, miał przebudować opactwo. Przebudowa miała miejsce w latach 1045–1050 (w stylu romańskim), a nowe opactwo konsekrowano 28 grudnia 1065 (na tydzień przed śmiercią króla, który został tam pochowany). W 1066 w opactwie westminsterskim odbyła się pierwsza koronacja (Wilhelma Zdobywcy).

W 1220 Henryk III dobudował Lady Chapel, a 25 lat później rozpoczął gruntowną przebudowę całego opactwa w kształcie, który zachował się do dziś. Następna poważna przebudowa miała miejsce za Henryka VII w wieku XVI w stylu gotyku angielskiego.

W 1534 Henryk VIII przejął opactwo w czasie swojej walki z Kościołem katolickim, a w 1540 zlikwidował opactwo benedyktyńskie. Maria I Tudor w 1553 roku wskrzesiła opactwo na kilka lat, ale potem Elżbieta I ponownie je zlikwidowała. W 1560 Opactwo Westminsterskie zostało przekształcone w tzw. Royal peculiar, przechodząc bezpośrednio pod jurysdykcję monarchini[1].

Dwie zachodnie wieże, w stylu neogotyckim, dzieło Nicholasa Hawksmoora, ucznia Wrena, dobudowano dopiero w 1745. Dalsza przebudowa i renowacja miała miejsce w XIX wieku.