Świątynia została wybudowana w XII wieku przez mnichów benedyktyńskich. Od 1614 roku stanowi kościół parafialny Pałacu Westminsterskiego[1]. Stała się nim, gdyż purytanie nie byli zadowoleni z ceremonii odprawianych w Westminster Abbey i postanowili, że St Margaret’s będzie bardziej odpowiadała ich potrzebom. Historycznie leżała na terenie obszaru Ossulstone znajdującego się w hrabstwie Middlesex. W latach 1486-1523 doszło do jej przebudowy[2], za namową króla Henryka VII, a nowy kościół, który w dużej mierze zachował się do dziś, został konsekrowany 9 kwietnia 1523 r.[3] Kościół był miejscem wielu znaczących wydarzeń, w tym zaręczyn Katarzyny Aragońskiej z Henrykiem VIII, które upamiętniono w 1509 r. istniejącym do dziś witrażem[4]. W Wielkanoc 1555 roku były mnich benedyktyński William Flower zaatakował w kościele księdza, który udzielał sakramentu. Został uznany za heretyka i spalony na stosie przed kościołem[5].

Świątynia była wielokrotnie przebudowywana. W latach 1734-1738 północno-zachodnia wieża została przebudowana według projektów Johna Jamesa[6]; w tym samym czasie cała elewacja została pokryta kamieniem portlandzkim[7]. Zarówno wschodnia, jak i zachodnia kruchta zostały dodane później, według projektu JL Pearsona. W latach 70. XIX w. gruntownie odrestaurowano i zmieniono do obecnego wyglądu wnętrze kościoła, według projektu George’a Gilberta Scotta. Zachował on elementy poprzedniego wystroju, w tym okna witrażowe upamiętniające m.in. Johna Miltona i admirała Roberta Blake’a[8].

Organy kościelne były wzmiankowane w 1830. Obecne zbudowano w połowie XIX w., a później przebudowywano[9].

W latach 70. XX w. zlikwidowano tutejszą parafię, zaś budynek kościoła przeszedł pod zwierzchnictwo dziekana i kapituły sąsiadującego Opactwa Westminsterskiego[10].

W 1987 kościół wraz z pobliskim pałacem i opactwem został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO[11][12].