De stad werd intensief geëxploiteerd in de hellenistisch en Romeinse periodes, en beeldhouwers in marmer van Aphrodisias waren bekend over heel de Romeinse wereld. Vele voorbeelden van beeldhouwwerken zijn opgegraven in Aphrodisias en sommige zijn ook overgeleverd in andere delen van de Romeinse wereld.

De oorsprong van de stad, die nabij een marmergroeve werd gebouwd, kan worden teruggevoerd tot 3000 v.Chr. in het Chalcolithicum. Deze prehistorische nederzetting was op de akropolis en in het noordelijke deel van de stad gelegen, waar later de tempel van Aphrodite zou komen te staan. Het is waarschijnlijk dat omwille van de vruchtbare gronden er al zeer vroeg een moedergodincultus ontstond met lokaal Anatolische en oosterse invloeden. De zogenaamde "Aphrodite van Aphrodisias", de latere stadsgodin van Aphrodisias in Klein-Azië, schijnt oorspronkelijk een Carische godheid te zijn geweest, die zou versmelten tot een drie-eenheid van Aphrodite Ourania, Pandemos en Pelagia. In deze hoedanigheid bleef Aphrodite tot in de Romeinse keizertijd in heel het Middellandse Zeegebied aanbeden. Onder anderen keizer Hadrianus was een fervent vereerder van haar.

In zijn Geographika vertelt Stephanus van Byzantium dat de stad werd gesticht door de Lelegiërs, waarnaar de stad Lelegonpolis werd genoemd. De Cariërs noemden de stad, aldus Stephanus, Ninoë naar de legendarische Babylonische koning Ninos, maar het is waarschijnlijker dat deze naam is afgeleid van de Akkadische benamingen voor Ishtar die door de Grieken zou worden geïdentificeerd met Aphrodite. Mogelijk veranderde de naam van de stad reeds bij de komst van de Grieken, maar pas vanaf de hellenistische periode vinden we bronnen die deze naam vermelden.

In de hellenistische periode ging Aphrodisias een verbinding (sympoliteia) aan met het nabijgelegen Plarasa. Vandaar dat men voortaan gemeenschappelijke munten sloeg.[1] Tijdens de Romeinse burgeroorlogen van de 1e eeuw v.Chr. kon de stad een goede verhouding met de toenmalige machthebbers bewaren. Zo verzekerden de triumviri Marcus Antonius, Gaius Iulius Caesar Octavianus en Marcus Aemilius Lepidus haar in een in een inscriptie overgeleverd decreet (39 v.Chr.) onafhankelijkheid (van de Romeinse provinciebestuur), immuniteit voor Romeinse inmenging en asylia. Andere inscripties verwijzen naar de relatie van Aphrodisias met Rome.[2]

Een omvangrijke marmerindustrie en een beroemde beeldhouwersschool, begunstigd door de nabijgelegen en in de hellenistisch en Romeinse periode intensief geëxploiteerde marmergroeve, kwam nu tot volle bloei. De beeldhouwers van Aphrosisias waren vermaard voor hun zwarte en witte beeldhouwwerken uit een gelaagd blok marmer.[3] Maar Aphrodisias was ook bekend om de fijne textielproducten (wol en katoen). De stad werd, vanaf de Augusteïsche periode, in de 1e eeuw v. en n.Chr. zoals zovele Klein-Aziatische steden voorzien van talrijke openbare gebouwen. In de 3e eeuw n.Chr. werd Aphrodisias de hoofdstad van de nieuw ingerichte provincia Caria.

In de late antieke periode werd de stad hernoemd tot Stauropolis ("stad van het kruis"), een veel geschiktere naam voor een christelijke stad dan het pagane "stad van Aphrodite". De naam Aphrodisias werd echter nog steeds gebruikt door de "Hierocles Synecdemus", door de Novella CLX van Iustinianus, en komt nog voor in de ondertekeningen van het vijfde oecumenisch concilie in 553. De naam Stauropolis verschijnt voor het eerst rond 640 in de "Ecthesis" van pseudo-Epiphanius.[4] De naam Tauropolis, waarvan men dacht dat ze werd gedragen door de stad alvorens Stauropolis te heten, is een vergissing die verscheidene geleerden in het verleden hebben gemaakt.[5]

Michel Le Quien[6] vermeldt twintig bisschoppen voor deze zetel, waaronder Ammonius bij het Eerste Concilie van Nicaea in 325, Eumenius bij het Eerste Concilie van Constantinopel in 381, Cyrus bij het Concilie van Efeze in 431, Critonianus bij het Concilie van Chalcedon in 451, Severianus bij het Tweede Concilie van Constantinopel in 553, Ephraem van Carië, een liturgisch dichter, enz. waren. Een andere bisschop, Theopropios, wordt door een inscriptie vermeld.[7]

In de 7e eeuw had Stauropolis achtentwintig suffragane bisschoppen en zesentwintig aan het begin van de 10e eeuw. Tussen 1356 en 1361 schijnt de zetel te zijn verlaten door de metropoliet, maar de titel werd lang behouden en hem werden de inkomsten van andere kerken gegeven.[8] Isaias van Stauropolis was aanwezig op het Concilie van Ferrara-Florence (1439) en vluchtte ervan weg om te vermijden dat hij het decreet van unie moest ondertekenen.

Stauropolis bleef (vanaf 1913) een rooms-katholieke titulaire metropolitane zetel van de voormalige provincia Caria.