先史時代

ケルト人のハルシュタット文化を受け入れたイリュリア人と、より古いプロト・スラブ人（イリュリア人系統）のルサチア文化が栄えていたが、鉄器時代末期にウーニェチツェ文化西部群の後継であるラ・テーヌ文化に属するケルト人（コティニ人（英語版）・ボイイ族）の侵略によって崩壊し、プコフ文化（英語版）に転換した。

古代ローマ

1世紀ごろゲルマン人、ダキア人が侵略し、ローマ帝国の拡大でプコフ文化が消滅した。マルコマンニ戦争のパンノニア遠征（168年 - 169年）。

民族移動時代

2世紀および3世紀にフン族が、5 - 6世紀ごろにゲルマン人（東ゴート人、ランゴバルド人、ゲピド人、ヘルール人）がパンノニア平原に移住してきた。568年にはアヴァール人が占領し、アヴァール可汗国を樹立。623年、スラブ人の反乱が成功してサモ王国（623年 - 658年）が樹立された。

大モラヴィア王国

9世紀に現在のスロバキア、モラヴィア、ボヘミア、シレジア地方に大モラヴィア王国が成立。スロバキアでは大モラヴィア王国がスロバキア人による王国であると主張する者もいるが、歴史学的には証明できる事実ではない。また、この地域のスラブ人が現在のように簡単にチェコ人、スロバキア人などというように分類できない面があった。

ハンガリー王国時代

10世紀になるとマジャル人の侵入を受け、ハンガリー王国が成立すると、この地域は北部ハンガリーと呼ばれ、ハンガリーの一地域として扱われるようになる。ただしハンガリーに比べてスラヴ人の多い地域であった。さらにオスマン帝国がハンガリーに侵入すると、王領ハンガリーの一部としてオーストリア大公国の支配を受けるようになり、ブラチスラヴァ（ポジョニー）にハンガリー王国の首都が移され、ハンガリーにとっても北部ハンガリーは重要な地域とみなされるようになった。この首都移転は北部ハンガリーの人口バランスを狂わせるもので、増加したマジャル人に対して北部ハンガリーのスラヴ人の反感は高まった。この時期、チェコはハプスブルク家を皇帝とするドイツ人諸邦連合である神聖ローマ帝国の一員（首都が置かれたことすらある）であったが、スロバキアはハンガリーとともにハプスブルクの支配は受けつつもその枠外とされていた。すなわち、ハプスブルク家は神聖ローマ帝国内（現在のオーストリア、チェコ、北イタリア）と外にまたがって版図を持っていたことになる。

オーストリア帝国時代

19世紀半ば、オーストリア帝国時代、民族主義の流れによって周辺のスラヴ人がそれぞれクロアチア人（「クロアチアのスラヴ人」から）、ボヘミア人（「ボヘミアのスラヴ人」から）と呼び名を変えていく中で、北部ハンガリーでは自らの地域・北部ハンガリー地域のスラブ語に転化したスロバキアと名づけ、自らをスロバキア人、自分たちが話す言語をスロバキア語であると主張するようになった。またこのころ、勢力の大きいマジャル人に対して、チェコ人（チェック人）とスロバキア人の連合が主張され始めるようになった。

チェコスロバキア独立

オーストリア・ハンガリー二重帝国体制下においてはチェコ、スロバキアはともに連邦国家構想を支持していたが、第一次世界大戦の終了とともにオーストリア・ハンガリー帝国は崩壊した。1918年、独立運動の指導者トマーシュ・マサリクは、チェコスロバキアは民族自決の対象となる単一のチェコスロバキア人国家として独立を宣言した。さらにハンガリーに侵入し、北部ハンガリーのほとんどの地域をハンガリーから収奪した。これが現在のスロバキア国家の基本的な領土となっている。しかしこの行動はハンガリーなどで領土回復運動が高まるきっかけとなった。

スロバキア共和国（1939年 - 1945年） 1938年9月29日、ミュンヘン会談。ハンガリーのスロバキア領要求が列強に確認される。 1938年11月2日、第一次ウィーン裁定。南部スロバキアをハンガリーに割譲することが決まる。 1938年11月9日、スロバキア自治政府が成立。 1938年11月30日、チェコスロバキアの国名がチェコ＝スロバキア共和国（英語版）に変更される。 1939年3月14日、ナチス・ドイツの支援により、ヨゼフ・ティソを国家元首としてスロバキアはチェコ＝スロバキアから独立（チェコスロバキア併合）し、ドイツの保護国としてスロバキア共和国が成立した。ほぼ同時に東部のカルパト・ウクライナ地方も独立を宣言するが、ほどなくハンガリーに占領される。 3月23日、ハンガリーがスロバキアに侵攻（スロバキア・ハンガリー戦争（英語版））。ドイツの仲介により、南部スロバキアをハンガリーに割譲（ハンガリー領カルパティア・ルテニア）。第二次世界大戦後はソビエト連邦領になる。現在はウクライナ領ザカルパッチャ州。 1939年9月1日、ポーランド侵攻に参加し、枢軸国として第二次世界大戦に参戦。 1944年8月29日、スロバキア民衆蜂起。 1945年4月4日、ブラチスラヴァをソ連赤軍が占領。 共産党体制下のチェコスロバキア（1945年 - 1989年） 1945年チェコスロバキア亡命政府が帰国、チェコスロバキア共和国が再興される。 1948年 共産党政権が成立（二月政変）。 1960年 国名をチェコスロバキア社会主義共和国に改称。 1969年 「プラハの春」とソ連を含むワルシャワ条約機構5か国の軍が介入（チェコスロヴァキア侵攻（英語版））後、分権化の要求に応えて連邦制が導入され、チェコスロバキア社会主義共和国（国名は変わらず）を構成する「スロバキア社会主義共和国」が発足。しかし、スロバキア人のフサーク政権が推進した「正常化体制（英語版）」路線で連邦政府への再度の中央集権強化が行われたため、両共和国の権限は形骸化した。民主化から連邦解体へ（1989年 - 1992年） 1989年11月、ビロード革命。共産党政権が解体される。 1990年3月、スロバキア社会主義共和国が国名を「スロバキア共和国」に改称。 1990年4月、ハイフン戦争の末、チェコスロバキア社会主義共和国が国名をチェコおよびスロバキア連邦共和国に改称。 1992年11月、チェコスロバキア連邦議会でチェコ共和国とスロバキア共和国の連邦解消法が可決成立する。スロバキア共和国（1993年 - ） 1993年1月1日、チェコとの連邦を解消（ビロード離婚）。 2000年12月、経済協力開発機構（OECD）加盟。 2004年3月29日、北大西洋条約機構（NATO）加盟。 2004年4月17日、新大統領に元国会議長のイヴァン・ガシュパロヴィッチが当選。 2004年5月1日、欧州連合（EU）に加盟。 2006年6月、総選挙が行われる。 2006年7月5日、イラク派遣部隊を撤退させる方針を確認。2003年に地雷処理部隊など約100人をイラクに派遣していた。3人が死亡。 2009年1月1日、ユーロを導入。EUで16か国目。