ボイニツェ城は、1113年、ゾボア寺院 (en:Zobor Abbey) の文書記録に初めて現れる。当初は木造の砦として建てられていたが、次第に石造に置き換えられ、外壁は岩場の凹凸に合わせて作られている。最初の城主はマシュー3世 (en:Matthew III Csák) で、1302年にハンガリーのヴァーツラフ3世 から譲り受けた。その後、15世紀にマーチャーシュ1世が所有し、1489年にその庶子であるコルヴィン・ヤーノシュに譲り渡されたが、マーチャーシュはボイニツェを訪れるのが好きで、勅命もここで起草していた。今では「マーチャーシュ王のリンデンの木」として有名なリンデンの木の下で口述による勅命を作成していた。マーチャーシュ王の死後、城はザポヤイ家の所有となった。ハンガリー北部で最も富裕であったトゥルゾー家が1528年にこの城を取得し、大規模な改築を行い、ルネッサンス期の城郭に生まれ変わった。1646年から城の所有者はパルフィー家となり、改築は続けられた。

最後の著名な城主はパルフィー家のJános Ferenc Pálffy (1829-1908)である。彼は1888年から1910年にかけて、複合的なロマンス風の改築を行い、フランスのロワール渓谷にある城郭のような、現在見られる外観となった。彼は単なる城の所有者だけでなく、建築家でグラフィックデザイナーでもあり、骨董品、タペストリー、デッサン、絵画、彫刻の収集家としては当代随一であった。彼の死後、相続争いが続き、城から多くの貴重な芸術品が売りさばかれた。その後、1939年2月25日に、城館と温泉施設、周辺一帯は、チェコの起業家ヤン・アントニン・バタ（靴メーカー「Bata」のオーナー）に売却された。

1945年にチェコスロバキア政府によってバタの財産が没収された後、城はいくつかの政府機関の所在地となった。1950年5月9日に城内で火災が発生したが、国費で再建された。この後、ネオ・スタイル時代の資料・展示に特化した博物館が開館した。ボイニツェ博物館は現在、スロバキア国立博物館の一部となっている。