ジャワ古代史は、7世紀以前を西部ジャワ時代（4世紀：タルマヌガラ王国、7世紀：スンダ王国（英語版））、8世紀から10世紀前半までを中部ジャワ時代（8世紀：古マタラム王国・シャイレーンドラ朝）、その後の10世紀前半から16世紀初めまでを東部ジャワ時代に大きく分け、東部ジャワ時代の前半の3世紀をクディリ時代（西ジャワにはヒンドゥー国家のパジャジャラン王国（1579年滅亡）があったことが明らかになっている）、後半の3世紀をシンガサリ・マジャパヒト時代と呼んでいる。このように分けるのは王都の変遷、つまり権力と文化の中心地が移ったためである。Kerajaan Kahuripan、Kerajaan Janggala、Kerajaan Kadiriなどが建国された。

世界史的に16世紀初めまでを古代と呼ぶのには違和感があるが、文献などは15世紀までは古代ジャワ語で書かれており、また、支配的な宗教であったヒンドゥー教や大乗仏教が16世紀前後にイスラムに代わることなどによる。

イスラム王朝として、ドゥマク王国、チルボン王国（英語版）（西ジャワ）、バンテン王国（バンテン地方）、パジャン王国（英語版）（スラカルタ）、マタラム王国（ジョグジャカルタ）が相次いで建国された。また、Kerajaan Kalinyamat、Kerajaan Sumedang Larang、Kerajaan Blambanganなどの非イスラム王国が建国された。

1511年、ポルトガルがマラッカ王国と戦争になると、ドゥマク王国のファタヒラー（インドネシア語版）（Pati Unus）が援軍として駆けつけたが、1512年8月にマラッカは陥落した（マラッカ占領 (1511年)（英語版））。 1520年からアチェ王国のアラウッディン・アルカハル（英語版）が貿易の独占を狙って、三度に渡ってジョホール王国やポルトガル領マラッカ（ポルトガル語版）と戦争になった。この時は、オスマン帝国のスレイマン1世が艦隊を派遣してアチェ王国に加勢したが、成功しなかった。 1514年からポルトガルはマラッカで売る人身売買を目的として明朝の屯門（現香港屯門区）を占拠していたが、朝貢国マラッカを失うと第一次屯門の戦い（英語版）（1521年）と第二次屯門の戦い（英語版）（1521年）の二度にわたって明朝が攻めて撃退した。1522年、ポルトガルとパジャジャラン王国の関係を断ち切らせるために、ドゥマク王国のファタヒラーの艦隊がポルトガル艦隊と西部ジャワで海戦を行なった。勝ったドゥマク王国は、1527年6月22日にスンダ・クラパ（Sunda Kelapa、「スンダ族のココナッツ」の意味）の町の名前を「ジャヤカルタ」（Jayakarta、「勝利」の意味）に改名した。1557年、ポルトガルは明朝からマカオの居留権を得て日本との貿易を開始した。日本人がジャガタラに進出する切っ掛けとなった。

その後、バンテン王国がスンダ海峡の交易路の支配者となって繁栄したが、1596年にオランダ商人のコンパニエ・ファン・フェレ（遠方会社）が資金を出し、コルネリス・ドゥ・ハウトマン（英語版）が香料の買い付けにバンテン王国を訪れた。オランダ人とジャワ人の間で公式書類が交わされ、三世紀半に及ぶ両国の関係が始まった。しかし、和親同盟ではなく惨い植民地支配であった[1]。1602年、オランダ東インド会社がジャワ島に進出し、オランダによる植民地化の時代が始まる。1606年、ポルトガルとオランダ東インド会社がタンジュン・トゥアン（英語版）[注釈 1]を巡ってラチャド岬の戦い（英語版）を行ない、ポルトガルが勝利して香辛料貿易独占の足がかりとなった。

親オランダ政策をとったスルタン・ハジ（英語版）は、反オランダ派の父スルタン・アグン・ティルタヤサ（英語版）との内戦に勝利したものの、1619年にオランダ東インド会社のヤン・ピーテルスゾーン・クーンがバンテン王国を管理下に置き、「ジャヤカルタ」は「バタヴィア」（Batavia、古代オランダの呼称）と改名されることになった。1623年、モルッカ諸島のアンボイナ島でアンボイナ事件が起こり、オランダ東インド会社が香辛料貿易を独占することになった。イギリスは東インドの制海権を失って香辛料貿易が頓挫すると、南インドのフランス領ポンディシェリ占領を目指してカーナティック戦争を開始することになった。1641年、オランダ東インド会社がジョホール王国の援助を得てポルトガル領マラッカを占領し（マラッカの戦い (1641年)（英語版））、オランダ領マラッカ（ポルトガル語版）とした。1667年、第二次英蘭戦争（英語版）の講和条約・ブレダの和約で、ニューアムステルダム（現ニューヨーク）とバンダ諸島のラン島を交換した。

18世紀の3次にわたるジャワ継承戦争（第1次ジャワ継承戦争（インドネシア語版）、第2次ジャワ継承戦争（インドネシア語版）、第3次ジャワ継承戦争（インドネシア語版））と華僑虐殺事件の結果、マタラム王国は4分割されてジャワ島全域がオランダ東インド会社の支配下に置かれた。

欧州でナポレオン戦争が戦われている中、1811年にイギリスの攻撃を受け占領され、トーマス・ラッフルズジャワ副知事による植民地化政策が進められたが、フランス帝国の崩壊後は、フランスに対抗させるためネーデルラント連合王国に返還され、1824年には、英蘭協約でオランダ領マラッカとスマトラ島のイギリス植民地を交換し、イギリスの海峡植民地が完成するとともに、ジャワ島を含む島嶼部のオランダへの帰属が確定した。1825年、マタラム王族のディポヌゴロがオランダへの反乱を起こすが、1830年に鎮圧されている（ジャワ戦争）。

第二次世界大戦で、オランダ本国がナチス・ドイツの占領下になると、1942年に、蘭印作戦#ジャワ島の戦いで日本軍がジャワ島を占領した。長きにわたるオランダの圧政が同じアジア人の日本軍によって制圧され、スバラヤ市に入城する日本軍の戦車隊や日本兵をジャワ島の人々がジュンポール（万歳、一番よい）という親指を立てる最大限の歓迎を示す仕草で迎えた[2]。これら日本を大歓迎する現地の人々の写真は日本の敗戦後GHQの検閲（プレスコード）により封印された[2]。

引用エラー: 「注釈」という名前のグループの <ref> タグがありますが、対応する <references group="注釈"/> タグが見つかりません