Nel 1719, quando la Chiesa cattolica dichiarò "incorruttibile" la lingua di san Giovanni Nepomuceno, ebbe inizio la costruzione di una chiesa sulla Zelená hora, dove il futuro santo aveva studiato nei primi anni. La dedicazione fu celebrata un anno dopo la beatificazione del santo, avvenuta nel 1721; i lavori di rifinitura proseguirono fino al 1727. Dopo un violento incendio avvenuto nel 1784, la forma del tetto venne modificata.

La chiesa, con molte decorazioni progettate da Santini stesso, è famosa per gli elementi gotici ed il complesso simbolismo, una caratteristica quasi unica per l'epoca.