En 1719, quand l'Église catholique romaine déclare la langue de Jean Népomucène « incorruptible », on commence à travailler sur une église à Zelená Hora, où le futur saint avait été éduqué. Elle fut consacrée immédiatement après la béatification de Jean en 1720, quoique la construction elle-même, très lente, ne prit fin qu'en 1797.

L'église brule le 17 juillet 1784. La forme du toit est alors modifiée lors de la restauration.

Confisquée en 1953 par le gouvernement communiste, l'église est redevenue propriété de l'Église. Le 27 août 2014, les représentants des Monuments historiques tchèques, de la paroisse de Žďár nad Sázavou et du diocèse de Brno ont signé un accord de restitution rendant à l'Église catholique la propriété du lieu[1].