ב-1719 הורה הארכיבישוף של פראג לחקור את שרידיו של הקדוש הנוצרי יאן מנפומוק לאחר שהתברר כי לשונו של יאן שרדה בשלמותה, דבר המעיד על היותו אדם קדוש. כתוצאה מכך יאן מנפומוק זכה לפרסום רב, ובעיקר במנזר הציסטרציאני שבז'דור נאד סוז'בו. מנזר זה מילא את מקומו של המנזר בזלנה הורה שנהרס במהלך המלחמות ההוסיטיות, היכן שיאן קיבל את חינוכו המוקדם. נזירים מזלנה הורה הקימו את המנזר החדש. וצ'לב ויימלובה, שהיה אחד ממעריציו של יאן מנפומוק ושימש בתפקיד אב המנזר בין 1705 ל-1738, החליט לבנות כנסייה לכבודו של יאן מנפומוק.

מטרתה של הכנסייה הייתה לשמש כאתר עלייה לרגל. העבודות החלו בשנת 1719, שלוש שנים לפני שמעמדו של יאן כקדוש נוצרי זכה לאישור הסופי. האדריכל שהופקד על הבנייה היה יאן סנטיני אייכל, שעבד עבור אב המנזר על מגוון פרויקטים מאז 1706. שני האנשים שיתפו פעולה בעיצוב הכנסייה, והתבססו בין השאר על המשמעות הסמלית של לשונו של יאן מנפומוק, ועל המשמעות הנומרולוגית של הספרות 5 ו-3 (יאן מנפומוק מת בגיל 53).

הכנסייה קודשה ב-16 במאי 1720 למרות שבנייתה לא הסתיימה, כיוון שתאריך זה היה יום המרטירדום של יאן מנפומוק. בנייתו של החלק העיקרי הסתיימה ב-1721, ושנה אחת לאחר מכן קודשו הרהיטים והקישוטים בטקס נוסף. אולם, בניית הקלויסטרים והמבנים המשניים הסתיימה רק ב-1727. בשנים שלאחר מכן הוספו אלמנטים שונים כגון המזבח הראשי והמזבח המשני, דוכן דרשה, ומספר פסלים.

הכנסייה שימשה כאתר עלייה לרגל חשוב עד לביטול המנזרים ב-1784. השימוש בה נמשך מאז, ובמהלך המאה ה-19 החלו להשתמש בקלויסטר כבית קברות.