Di origine pre-incaica, fu un centro economico e politico di grande importanza al centro-nord di quello che oggi è il territorio dell'Ecuador dove si sviluppò la cultura quitus (da qui il suo nome). Con l'arrivo degli Inca la città acquisì anche un'importanza militare divenendo il secondo centro politico dell'Impero Inca, distante oltre 2000 km dalla capitale Cuzco, alla quale era unita da un'importante strada. Benché il suo territorio fosse stato annesso all'impero nel 1430, gli Inca non dominarono la popolazione bensì ne rispettarono la cultura, arricchendola e convertendo la città in un grande centro urbano. Il penultimo sovrano Inca, Huayna Cápac, passò a Quito gli ultimi anni della sua vita e, secondo una versione contestata, in punto di morte, suddivise il regno in due parti: il figlio Atahuallpa, il suo favorito, si stabilì a Quito che divenne la capitale della parte dell'impero a lui assegnata, mentre il fratello Huáscar rimase con la parte dell'impero di Cuzco.

Con l'arrivo degli spagnoli, il condottiero inca Rumiñahui preferì distruggere la città lasciando solo cenere e nascondendo i tesori in modo che gli invasori europei non trovassero nulla. La storia ispanica di Quito, però, comincia il 24 agosto del 1534 con la fondazione di Santiago de Quito nelle vicinanze di Riobamba, città distrutta dagli indigeni ostili alla conquista e rifondata, da Benalcazar, con il nome di San Francisco de Quito, il 6 dicembre del 1534 dove attualmente sorge, alle falde del vulcano Pichincha. Grazie all'arrivo di numerose comunità religiose la città crebbe rapidamente e si sviluppò acquisendo grande importanza culturale e religiosa.

La città mantenne la sua importanza essendo il nesso tra i "virreinati" di Nueva Granada e il Perù, e fu la prima città americana a organizzarsi in vista dell'indipendenza dalla corona spagnola, il 10 agosto 1809: in onore di questo avvenimento la città è anche denominata Luz de America.[1] Dopo anni di tentativi falliti, il 24 maggio 1822 l'esercito indipendentista guidato da Antonio José de Sucre entrò a Quito ed ebbe definitivamente la meglio sugli spagnoli nella Battaglia di Pichincha. Con l'indipendenza dalla Spagna divenne uno dei tre centri politici della Grande Colombia e nel 1830, con la dissoluzione di questa, fu riconosciuta come capitale dell'Ecuador.