Durante l'antichità classica, in questo luogo si trovava una fortezza illira ed un castrum romano. Durante il regno dell'imperatore bizantino Giustiniano I furono fondate numerose città fortificate in questa zona. Blagaj viene citata nell'opera De Administrando Imperio di Costantino VII Porfirogenito col nome di Bona, allora parte di Zahumlje (Hum).

Alla fine del XII secolo, durante il regno di Stefano Nemanja (Grande Principato di Serbia), il prefetto Jurko costruì una chiesa dedicata ai santi Cosma e Damiano. Nel XIV secolo, durante il regno del Ban bosniaco Stjepan II Kotromanić, Hum entrò a far parte dello stato bosniaco. Nel XV secolo Sandalj Hranić Kosača e suo nipote Stephen Vukčić Kosača regnarono sul territorio di Hum e Blagaj fino all'arrivo del Ottomani nel 1466. Blagaj è nota anche per essere un'area residenziale per i re bosniaci, ed in particolare per le famiglie reali Hranić e Kosača.

Blagaj viene citata per la prima volta nelle fonti storiche nel 1423. Nel periodo dell'impero ottomano, Blagaj fu la sede del Blagaj Vilayet, e fu divisa in numerosi quartieri. La città aveva sette moschee, due inni, quattro musafirhana, un madrasa (bosniaco: medresa), due maktab, sette mulini e quattro ponti in pietra sul fiume Buna. I bosgnacchi erano la maggioranza fino al 1835, quando nel periodo Austro-Ungarico i cristiani divennero dodici volte tanto. Una chiesa ortodossa fu eretta nel 1893, ed una cattolica nel 1908.