נראה כי סוג של ביצור כלשהו שכן במקום לפני המאה ה-11. המבצר הידוע המוקדם ביותר, "מצודת הכורדים", נבנה בשנת 1031 על ידי העבאסים, במטרה להתגונן מפני הסלג'וקים שהשתלטו על אסיה הקטנה מצפון. במקום שהיה בשליטתו של האמיר של חלב, הוצב חיל מצב כורדי, ומכאן שמו. הוא נכבש על ידי רמון הרביעי, רוזן טולוז בתחילת שנת 1099, במהלך מסע הצלב הראשון, אך ננטש כאשר הצלבנים המשיכו במסעם לכיוון ירושלים. המבצר אויש בשנית על ידי טאנקרד נסיך הגליל בשנת 1110. רמון השני מטריפולי, שליטה של רוזנות טריפולי שבתחומה נמצא המבצר, העניק אותו למסדר ההוספיטלרי בשנת 1144.

ההוספיטלרים בנו את המבצר מחדש והרחיבו אותו עד שהפך למצודה הגדולה ביותר בארץ הקודש. הם הוסיפו לו חומה חיצונית בגובה של 30 מטר, ובה שמונה מגדלי שמירה עגולים שעובי כל אחד מהם עומד על 8–10 מטרים. מהלך זה הביא ליצירת מבצר קונצנטרי, שבו חומה היקפית ובמרכזו מגדל עוז. במאה ה-12, היה המבצר מוקף בחפיר שעליו נמתח גשר מתרומם, וכניסתו הראשית נקבעה בצידו המזרחי. בין החומה החיצונית לפנימית הייתה חצר שהובילה לבניינים הפנימיים שנבנו על ידי ההוספיטלרים בסגנון האדריכלות הגותית. בניינים אלה כללו אולם פגישות, מנזר, ומתקן אחסון באורך של 120 מטר. מתקני אחסון נוספים נחפרו אל תוך קרקע המצוק מתחת למצודה, וההערכה היא שההוספיטלרים יכלו להחזיק מעמד תחת מצור משך חמש שנים. בשנת 1190 סיימו ההוספיטלרים לשדרג את המבצר, אך חלקים מסוימים נבנו מחדש לאחר מספר רעידות אדמה בין 1190 ל-1200 ובשלב הבא והאחרון עד 1271. בתוך המבצר יכלו לחיות כ-50–60 הוספיטלרים ועוד כ- 2,000 לוחמי חיל רגלים. בנוסף לשליטת המבצר על הים התיכון, הייתה להוספיטלרים גם השפעה מסוימת על אגם חומס שבמזרח, שכן יכלו לשלוט על תעשיית הדיג באגם ולתצפת על צבאות מוסלמים שהתאספו בסוריה.

בשנת 1163, הטיל השליט המוסלמי נור א-דין מצור על המבצר אך ללא הצלחה. לאחר ניצחון ההוספיטלרים הם הפכו לכוח חיוני ועצמאי בחזית הטריפוליטאית. המבצר הושם תחת מצור בשנית על ידי צלאח א-דין בשנת 1188, אך כמו המצור הקודם, גם מצור זה לא צלח. במהלך מצור זה נפל נציב המבצר בשבי ונלקח על ידי אנשיו של צלאח א-דין לשערי המבצר שם צווה להורות על פתיחת השערים. נציב המבצר קרא בערבית לאנשי המבצר להיכנע, אך בצרפתית הורה להם להילחם עד אחרון האנשים. במהלך מסע הצלב החמישי חיזק המלך ההונגרי אנדרה השני את החומה החיצונית בשנת 1217, ומימן את שכרם של החיילים השומרים.

המצודה נכבשה על ידי השליט הממלוכי ביברס ב-8 באפריל 1271, לאחר שרימה את ההוספיטלרים ופיתה אותם להאמין שראש רוזנות טריפולי הורה למבצר להיכנע. ביברס, שהחריב מספר מבצרים צלבניים שכבש, שיפץ ומיגן את קראק דה שבלייה, ועשה בו שימוש כבסיס נגד נחלת טריפולי הצלבנית. הוא חיזק את החומה הדרומית, הקים מגדל שמירה רבוע בצד הדרומי של האתר והפך את המנזר למסגד. מאוחר יותר השתמשו הממלוכים במבצר כדי לצאת להתקפה על עכו בשנת 1291. אדוארד הראשון מלך אנגליה ראה את המבצר במהלך מסע הצלב התשיעי בשנת 1272, והשתמש בו כדוגמה בעבור הטירות שבנה בעצמו באנגליה ובוויילס. בתחילת המאה ה-14 ננטש המבצר ומצבו התדרדר, והוא שופץ רק במאה ה-20.

המבצר מהווה עדות לעושרו האגדי של המסדר ההוספיטלרי ולתושיה של האדריכלות הצבאית הצלבנית. תומאס אדוארד לורנס (לורנס איש ערב), שהיה בין ראשוני החוקרים המערביים של אדריכלות צלבנית, תיאר את קרק דה שבלייה כ"המבצר המדהים ביותר בעולם". החוקר הישראלי, דוקטור אדריאן בועז, קובע בספרו "אדריכלות של המסדרים הצבאיים" כי "הבחירה האינטליגנטית של המיקום, הגאונות של התכנון והמשאבים האדירים שהושקעו בהקמת המבצר חוברים להעיד על הכשרון בבניית ביצורים של ההוספיטלרים שהמבצר היה – ללא עוררין – יצירת המופת שלהם" . ההיסטוריון הבריטי יו קנדי (Hugh N. Kennedy) מציין בספרו "מבצרי הצלבנים" כי ביצורי קרק דה שבלייה היא "מערכת לחימה המתוכנת באופן מבריק ובנויה לתפארה"[1].

ב-2012, בזמן מלחמת האזרחים בסוריה, השתלטו כוחות המורדים הקיצוניים על המבצר. בסוף שנת 2014 כבש הצבא הסורי מחדש את המבצר לאחר הפצצות כבדות והוא נפגע קשות[2]. מאז השתלטות הצבא הסורי מחדש, משמש את חיל המצב הסורי ואת המשטרה הצבאית הרוסית.

^ Hugh Kennedy. Crusader castles. Cambridge University Press, 2001. page 154 ^   קתרין אלגר, דר שפיגל, המירוץ הבהול והמסוכן להצלת אוצרותיה העתיקים של סוריה, באתר הארץ, 20 באוגוסט 2014