באתר בו שוכנת ענג'ר התקיים יישוב אנושי בתקופה ההלניסטית, הרומית ובתקופה הנוצרית המוקדמת. שרידיו של מקדש רומי ניצבים על גבעה במג'דל ענג'ר, כ-2.5 ק"מ דרומית-מערבית לעיר. בתחילת המאה ה-8, הקים הח'ליף וליד הראשון מבית אומיה (705-715) יישוב בענג'ר בצורת מבצר מלבני מתוכנן, אך בנייתו לא הושלמה מעולם. לאחר שהח'ליף איברהים אבן אל וואליד הובס על ידי העבאסים בשנת 744 בקרב שהתרחש סמוך לעיר, פסק היישוב במקום והעיר גוועה ונהרסה.

מקור שמה של העיירה הנוכחית הוא בשמו של מעיין "עין ג'רא" (عين جرا) הנמצא כקילומטר צפונית מזרחית לעיירה. היא קמה בשנת 1939 כאשר 5,125 פליטים ארמנים מאזור מוסא דאג שסמוך לאנטקיה נמלטו משישה כפרים, מיד עם סיפוחו של האזור לטורקיה ב-7 ביולי 1939, ולאחר שזה התקיים משך מספר חודשים כמדינת האטיי. בתוך עשרה ימים, כמעט כל האוכלוסייה הארמנית עזבה את האטיי[1]. העיירה תוכננה ונבנתה בצורת נשר הפורס את כנפיו. במרכזה של העיירה היא נחצית על ידי רחוב מרכזי ובכל אחד משני צדדיו "כנף" שבה שלוש שכונות, ואלה קרויות על שמם של כפרי המוצא של התושבים בטורקיה. חלק מהמתיישבים החדשים עזבו את ענג'ר והיגרו לארמניה ב-1940.

במהלך הסדר הסורי בלבנון, הקים צבא סוריה את מרכזו הצבאי באזור הבקאע בענג'ר, כמו גם את מרכז שירותי המודיעין הסוריים.