Le sultan seldjoukide Ahmed Sanjar a construit le premier sanctuaire connu à cet endroit. Il a été détruit ou caché sous remblai de terre lors de l'invasion de Gengis Khan autour de 1220.

Au XVe siècle par le Sultan ici Husayn Mirza Bayqarah a été construit la Mosquée Bleue présente. Il est de loin le monument le plus important dans Mazâr-e Charîf et il est considéré que le nom de la ville (Noble Sanctuaire, Tombe de Sharif) provient de ce sanctuaire. Un plan de l'emplacement fait dans les années 1910 du site montre qu'il y avait déjà eu une enceinte fortifiée plus petit dans la mosquée, qui a été rasé pour créer des parcs plus tard, bien que les portails à cette enceinte restent comme des passerelles pour le sanctuaire. Des tombes de différentes dimensions ont été ajoutés pour un certain nombre de dirigeants politiques et religieux afghans au cours des années, ce qui a conduit à l'élaboration de ses dimensions irrégulières actuelles. Ceux-ci comprennent le tombeau en forme de dôme carré de Dost Mohammed Amir, Wazir Akbar Khan et une structure similaire pour Amir Sher Ali et sa famille.

Les talibans, qui contrôlent l'Afghanistan à partir de 1996, n'accordent pas d'importance religieuse à cette mosquée, considérée comme un lieu d'hybris, selon l'archéologue allemand Reinhard Bernbeck[1].