Selon la légende, le site fut créé par Ali, gendre et cousin de Mahomet. Rendu furieux par un tyran local, Ali aurait escaladé la montagne et donné un grand coup de pied qui aurait fait tomber des pans entiers de montagne. Ceci aurait créé Band-e Haibat (le "barrage du courroux"). Puis prenant son sabre, il aurait donné un coup suffisant pour détacher un autre bloc, créant ainsi Band-e Zulfiqar (le "barrage du sabre"). Un des serviteurs d'Ali, Qambar, aurait aidé son maître à provoquer la chute d'un troisième pan de rocher, donnant naissance à Band-e Qambar. Les esclaves du tyran, aidés d'Ali, créèrent Band-e Gholaman (le "barrage des esclaves"). Une femme ayant offert à Ali un fromage frais, celui-ci l'utilisa pour créer Band-e Panir (le "barrage du fromage frais"). Une fois tout ceci achevé, l'eau retenue par les barrages ne pouvant s'écouler, la rivière se serait assechée, provoquant l'inquiétude des villageois. Sensible à leurs suppliques, Ali aurait alors tracé avec les cinq doigts de sa main droite les chenaux nécessaires à l'écoulement de l'eau[1].

Les plateaux enserrant la vallée sont de nature marno-calcaire et sont de couleur beige à brune, teintée de rose et/ou de violacé. Ils ont été formés à l'époque Crétacé[1].

Les lacs de Band-e Amir sont le résultat de l'activité de sources aux eaux enrichies par dissolution des carbonates contenus dans les roches marno-calcaires. Ces sources ont lentement déposé des carbonates (notamment de calcium) sous forme de barrages beige clair de travertin qui retiennent aujourd'hui l'eau des lacs.

Les barrages de travertin ainsi formés atteignent 8 à 10 m de hauteur pour 2 à 3 m de large[1].

La flore joue un rôle important dans la formation de ces travertins, qui ne sont pas d'origine hydrothermale comme ceux de la vallée d'Ajdar, mais liés à l'activité des êtres vivants chlorophylliens aquatiques. Ces derniers, en consommant le dioxyde de carbone (nécessaire à la photosynthèse) dissous dans l'eau, provoquent la précipitation des carbonates et donc la formation de travertin. La végétation, alors encroûtée dans le carbonate de calcium, finit par mourir et sert de support aux nouvelles générations qui s'installent au-dessus. Le barrage est donc très lentement exhaussé au fur et à mesure de l'accumulation de ces couches de croûtes carbonatées (qui finissent par se compacter sous l'action du poids des couches sus-jacentes)[1].

La grande beauté du site en a fait une destination touristique remarquable. La région fut déclarée parc national en 1973. Mais cette déclaration n'a jamais été publiée au journal officiel, et le parc n'a de ce fait aucun statut légal[2],[3].

Les limites du parc national correspondent à la totalité des bassins versants des tributaires de la rivière Band-e Amir[réf. nécessaire].

Le parc national a une superficie de 41 000 hectares (410 kilomètres carrés), dont 600 pour l'étendue combinée des lacs[3].