La construction de la mosquée commence en 1597 sur l'ordre de la sultane Safiye, épouse du sultan Mourad III. Davud Ağa, un apprenti du grand Sinan, est le premier architecte de l'édifice mais il meurt en 1599. Il est alors remplacé par Dalgic Ahmed Cavus.

Le projet est entravé par des dissensions politiques, notamment des désaccords à la cour du sultan, en raison de son emplacement et de son coût. En effet, le quartier d'Eminönü est le principal centre de commerce de la cité et abrite une importante communauté juive. En choisissant cet emplacement, la sultane espère étendre la sphère d'influence de l'islam dans la cité. Elle joue notamment sur le mécontentement des marchands étrangers envers leurs homologues juifs dont le pouvoir et l'influence ne cesse de croître. Cela fournit à la sultane un prétexte commode pour ordonner la confiscation de leurs biens alors que beaucoup critiquent violemment — notamment les janissaires — cette dépense superflue et l'accroissement de son pouvoir politique.

La sultane doit ainsi abandonner son projet à la mort de Mehmed III. Le nouveau sultan Ahmet Ier se désintéressant du projet : la sultane Mère est reléguée dans le harem et la construction abandonnée. Le bâtiment inachevé tombe alors en ruine et est en grande partie détruit par un incendie en 1660. L'année suivante, l'architecte impérial Mustafa Ağa suggère que la Validé Hatice Turhan, la mère du Sultan Mehmed IV, achève le projet en témoignage de sa piété. La mosquée est achevée en 1663 et inaugurée en 1665.