Parois et cascades vues du Milford Sound.

Les Maoris, qui habitaient la région dès l'an mille environ, ont traversé le Milford Sound afin de gagner la baie d'Anita et l'ont baptisé Piopiotahi qui signifie en français « L'endroit du thrush chantant » du nom d'une espèce d'oiseau désormais éteinte de la sous-famille des turnidés[1].

Le premier Européen à avoir découvert le Milford Sound est le navigateur britannique James Cook qui l'approche le 11 novembre 1770 à bord de l'Endeavour, décrivant un paysage rocheux accidenté aux sommets enneigés[1]. Avant qu'une tempête ne force l'équipage à s'éloigner du rivage, le botaniste Joseph Banks a cependant le temps de descendre à terre pour récolter quelques spécimens végétaux[1].

À partir de la fin du XVIIIe siècle, les chasseurs de phoques s'établissent dans la région des fjords au point d'exterminer ces animaux dans les années 1820[1]. C'est un de ces chasseurs gallois de phoque qui a baptisé le Milford Sound de son nom actuel en l'honneur d'un port naturel du pays de Galles, le Milford Haven[1].

En quête d'or, Donald Sutherland est le premier Européen à s'installer sur les rives du Milford Sound le 1er décembre 1877[1]. C'est au cours d'une de ces expéditions minières qu'il découvre les chutes qui portent depuis son nom, les chutes Sutherland[1]. Ce pionnier, aidé de trois assistants, est chargé en 1888 de tracer une piste depuis le fjord en direction de ces chutes, piste qui sera aménagée en six mois[1]. Finalement prolongée en direction du sud, elle rejoint l'autre piste partie du grand lac Te Anau au col Mackinnon le 16 octobre 1888 et est connue depuis ce jour sous le nom de Milford Track[1].

Depuis, attirés par les paysages qu'offre le fjord, les touristes ont remplacé les pionniers au point de faire du lieu un des premiers sites touristiques de Nouvelle-Zélande en nombre de visiteurs.