Lamanai a été occupée de façon continue depuis l'époque préclassique jusqu'au début de l'époque coloniale[1]. Sa situation à l'embouchure de la New River en a fait un important centre d'échanges commerciaux avec les cités du Petén, ainsi qu'avec le Yucatan et le Mexique central et même l'amérique centrale. Lamanai est un des rares sites mayas de la région à avoir survécu à l'«effondrement classique» au XIe siècle[2]. Les moines espagnols fondèrent une première église en 1570, puis une deuxième, mais les Mayas se révoltèrent et chassèrent les Espagnols.