Lorsqu'en 1494, Christophe Colomb découvre le golfe de Cienfuegos, il est habité par les Indiens Jagua. En 1745, les Espagnols établissent une forteresse dans la baie pour se défendre des pirates.

La colonie espagnole de Cuba, dirigée alors par une minorité blanche, repose sur une économie esclavagiste[1]. La révolte des captifs dans la colonie voisine de Saint-Domingue, incite la Couronne espagnole à faire augmenter la population blanche sur l'île[2]. De plus, la baie de Jagua, sur la côte sud de Cuba, occupe une place privilégiée pour la construction d'une cité portuaire destinée au commerce du sucre.

La ville est fondée par une quarantaine d'immigrés français de Bordeaux et de Louisiane, dirigés par Louis de Clouet, colonel puis général dans l'armée espagnole, le 22 avril 1819[3]. Le nom original de la ville était la Colonia de Fernandina de Jagua, en l'honneur du roi d'Espagne Ferdinand VII . La ville sera ensuite nommée Cienfuegos, nom du gouverneur général cubain de l'époque, José Cienfuegos, à l'occasion du dixième anniversaire de sa fondation.

En 1822, 789 habitants sont recensés. En 1833, la ville compte 2719 habitants dont 1896 sont blancs, 290 de couleur et 533 esclaves[1].

Important centre de négoce de la canne à sucre, du tabac et du café, elle devient dans les années 1860, la troisième ville de Cuba pour la richesse économique[4].