Au cœur de la Route de la soie et du royaume perse, Boukhara et Samarcande, protectorats russes depuis le milieu du XIXe siècle, sont rattachées à la Russie bolchévique en 1920 et à la République socialiste soviétique d'Ouzbékistan sous Staline.

L'oasis de Boukhara, active dès l'antiquité, attire très tôt la convoitise des États voisins : dès le VIe siècle av. J.-C., les rois de Perse dont, plus tard, Darius, l'envahissent ; puis en 329 av. J.-C., après l'invasion de l'Iran par Alexandre le Grand, le territoire de Sogdiane, dont fait partie Boukhara, devient une possession grecque jusqu'au IIe siècle av. J.-C. Entre la fin du Ier siècle av. J.-C. et la moitié du IVe siècle, Boukhara fait partie du royaume de Kushan. C'est au début de cette époque que commence à s'établir un commerce avec les pays d'Occident et d'Orient. Au Ve siècle, Boukhara est intégrée dans l'État des Hephtalites[1].

Boukhara est occupée en 710 par les troupes arabo-islamiques durant le califat des Omeyyades, le général Qutayba ben Muslim y établissant son autorité sur un prince local[2]. L'héritier du trône de Boukhara, Tougchada, se rallie rapidement à l'islam et règne de 710 à 739. La ville, qui devient un grand centre culturel, fait alors partie de la province du Khorassan, dont le chef-lieu est Merv[1].

À cette époque, la ville occupe une superficie d'environ 30 à 35 hectares et est entourée d'un rempart avec sept portes d'accès. Les rues sont orientées selon les points cardinaux et s'organisent comme un échiquier.

Au IXe siècle, la ville devient la capitale de la dynastie persane des Samanides (875-999) et l'aspect de la ville est à nouveau modifié : on observe onze portes d'accès, le « rabad » (faubourg) s'étend autour de la partie intérieure (« chakhristan »), la population augmente de manière significative, les professions déterminent le lieu de résidence, de nombreux mausolées et mosquées sont édifiés (dont le mausolée des Samanides)[1].

Des savants, poètes, écrivains résidaient à Boukhara au Xe siècle : le grand médecin et philosophe Avicenne (Abu Ali Ibn Sînâ), né à proximité à Afshéna (980-1037), le poète Roudaki[1] et le savant encyclopédiste al-Biruni (mathématicien, physicien, astronome, historien, etc.), né près de Khiva (973-1048), qui correspondit avec Avicenne. Boukhara est le berceau d'al-Boukhârî (810-870), un important compilateur de hadîths (recueils de paroles attribuées à Mahomet).

 Panorama de Boukhara, capitale de l'empire des Samanides aux IXe et Xe siècles

En 999, la ville fut envahie par les Qarakhanides. À cette époque, des monuments, encore visibles aujourd'hui, furent édifiés : le minaret d'Arslan-Khana (minaret de Kalian), la mosquée Magoki-Attari, la mosquée de Namezgokh, le mausolée de Tchachma-Ayoub (la source de Job)[1].

De 1102 à 1238, la ville fut gouvernée par la famille cadi des Ali-Burhan.

Gengis Khan s'empare de la ville en 1220, lors de la conquête de la ville, il rompt avec sa tradition de ne pas pénétrer des les villes conquises et entre dans la ville, Boukhara devient donc la seule ville connue dans laquelle Gengis Khan a pénétré, et la grande mosquée de la ville est le seul bâtiment de pierre dans lequel il est entré[3]. La ville est intégrée à l'Empire timouride en 1370[4]. La ville perd de son importance politique au profit de Samarcande mais en 1506, la dynastie des Chaybanides s'empare de Boukhara et, dans la seconde moitié du XVIe, Abdullah Khan fit de la ville le centre politique du khanat de Boukhara[1].

Le khanat de Boukhara (1599-1920), qui englobait Samarcande, fut l'un des trois khanats ouzbeks issus de la dislocation du khanat de Djaghataï, avec ceux de Khiva et de Kokand.

 Bazar à Boukhara de Verechtchaguine, musée national de Varsovie (1872). Sergueï Prokoudine-Gorski. Rue de Boukhara, Tchor Minor à l'arrière. Entre 1905 et 1915.

À partir de 1599, une nouvelle dynastie commence à régner, les Astrakhanides, bientôt secouée par des querelles internes importantes. Puis, en 1740, le roi de Perse Nader Chah envahit le khanat de Boukhara, nomme comme gouverneur Muhammed-Rakhim-Khan ; ce dernier se proclame émir, fonde une nouvelle dynastie, les Manghit (1753-1920). Cette période est une période de déclin pour Boukhara[1].

Boukhara tombe sous le régime du protectorat russe en 1868, avant de perdre définitivement son indépendance avec la prise de la ville par l'Armée rouge le 2 septembre 1920.

Au cours de son histoire, Boukhara apparaît surtout comme une ville religieuse[5], moins marquée par la vie scientifique que Samarcande.

Boukhara a donné son nom au bougran, une toile forte utilisée dans la doublure de vêtements, orthographiée boquerant par Marco Polo.

Boukhara est également le nom générique donné aux tapis turkmènes, dont le principal centre de négociation est le bazar d'Achgabat. Ces tapis se subdivisent en téké et yomouth, noms des deux principales familles de tribus turkmènes. Leur style très typique se reconnaît facilement car la décoration du champ est constituée par la répétition du même motif décoratif, le goul, emblème de la tribu du tisserand.

Elle est la ville natale de Fayzulla Xoʻjayev (1896-1938), premier dirigeant de la république socialiste soviétique d'Ouzbékistan, exécuté lors des purges staliniennes.