Tour-porche et chevet de l'abbatiale. Le cloître. L'église abbatiale de Saint-Martin du Canigou
Voyages pittoresques et romantiques, Charles Nodier (1834).

C'est à l'instigation de Guifred II, arrière-petit-fils de Guifred le Velu que le monastère fut établi. Les premières mentions datent de 997, date à laquelle le chantier a probablement commencé. De nombreuses donations au cours des années suivantes montrent bien que le chantier fut mené de manière très régulière. Le 12 juin 1005, Guifred II donne avec sa femme Guisla un alleu situé sur les pentes du Canigou, sur le territoire de la commune de Vernet à l'église de Saint-Martin. Ils effectuent un nouveau don le 14 juillet 1007[1].

L'église est consacrée le 10 novembre 1009 par Oliba, évêque d'Elne (son frère était abbé de Saint-Michel de Cuxa). Elle sera dédiée à Marie et aux saints Martin et Michel. Quelques années plus tard, l'église se dote des reliques de saint Gaudéric de Viéville. L'abbatiale est alors agrandie et re-consacrée (l'année exacte n'est pas connue avec exactitude : soit 1014, soit 1026). Le comte Guifred II se retira à l'abbaye vers la fin de sa vie : il y mourut en 1049.

L'abbaye commença alors rapidement à décliner : dès le XIIe siècle, elle est rattachée à l'abbaye de Lagrasse, dans l'Aude. Cela fut cause d'un conflit qui se régla finalement par arbitrage du pape. Mais l'abbaye sombrait irrémédiablement dans la décadence.

Le séisme du 2 février 1428 en Catalogne, ébranla sérieusement le monastère : de nombreux bâtiments furent détruits, le clocher fut écrêté, mais l'église résista tant bien que mal. Les travaux de reconstruction furent très longs en raison de l'insuffisance de moyens, malgré la mobilisation de l'épiscopat d'Elne.

En 1506, l'abbaye est placée sous commende et finit par être sécularisée en 1782 par Louis XVI.

Lors de la Terreur, l'abbaye fut fermée après expulsion des derniers religieux, et tous ses biens furent éparpillés. Les bâtiments se transformèrent alors en carrière de pierres pour les habitants des environs, les chapiteaux du cloître furent pillés, de même que les sculptures et le mobilier[2].

Il faudra attendre le début du XXe siècle pour que l'abbaye reprenne vie. L'évêque de Perpignan alors en fonction, Mgr de Carsalade du Pont, entreprit à partir de 1902 la reconstruction du monastère[3], dont il ne restait plus grand-chose, si ce n'est le clocher, l'église (dont une partie de la voûte s'était effondrée), et trois galeries du cloître inférieur.

De 1952 à 1983, dom Bernard de Chabannes achève la restauration de l'abbaye et y rétablit la vie spirituelle.

Il était coutume depuis le Moyen Âge d'offrir une mule à chaque nouvel abbé de Saint-Martin du Canigou lors de sa première entrée dans l'abbaye. Cet usage devint une contrainte que l'on qualifia alors de droit de mule, à charge des habitants des paroisses inféodées à l'abbaye, puis on remplaça la mule par un forfait de quarante livres barcelonaises. À la suite des ravages de la peste, cette somme fut ramenée à cinq livres en 1434. Le nouvel abbé Pierre Pouderoux, installé en 1698, décida de rétablir la somme de quarante livres, malgré les protestations, et l'usage perdura jusqu'à la sécularisation de l'abbaye en 1783[4].