Linna on venetsialaisten rakentama sen jälkeen kun nämä saivat paikan hallintaansa frankeilta neljännen ristiretken jälkeen vuonna 1209. Se kukoisti 1400-luvulle kestäneen venetsialaisvallan ajan ja oli tuolloin Kreikan merkittävimpiä linnoituksia. Koko kaupunki oli alun perin linnoitusmuurien sisällä. Linnoituskaupunki hyvine satamineen oli keskiajalla tärkeä asemapaikka pyhiinvaeltajien matkalla Länsi-Euroopasta Pyhään maahan sekä merkittävä kauppalaivojen satama idän ja lännen välillä.[1][2]

 

Methónin linnan pohjoispuolen sisäänkäyntisilta.

Turkkilaiset osmanit valtasivat linnan piirityksen jälkeen vuonna 1500. Venetsialaiset saivat sen takaisin vuonna 1686. Toinen osmanivallan aika alkoi vuonna 1715. Kreikkalaiset eivät saaneet linnaa vallattua vapaussodan aikana lukuisista yrityksistä huolimatta. Egyptin Ibrahim pašša saapui joukkoineen Methóniin vuonna 1825, ja linna toimi tämän jälkeen egyptiläisten päätukikohtana näiden kreikkalaisten vastaisissa sotatoimissa Peloponnesoksella. Egyptiläiset antautuivat Nicolas Joseph Maisonin johtamille ranskalaisille vuonna 1828. Itsenäisen Kreikan alkuaikoina asutus siirrettiin muurien ulkopuolelle nykyisen kylän paikalle, ja linnoitus autioitui.[1][2]