تاریخ اویغور به بیش از ۴۰۰۰ سال پیش، به دو قوم کشاورز و شکارچی، و سپس به زبان سغدی ایرانی در زمان هخامنشیان و اشکانیان بر می‌گردد. هنگامی‌که این منطقه بخشی از شاهنشاهی ایران بود. زبان سغدی یکی از زبان‌های ایرانی بود و از آنجا که سغدی‌ها بر سر راه جاده ابریشم اسکان داشتند زبان، فرهنگ، آداب و مهارت‌هایشان در مدیریت به‌سرعت، همراه با بازرگانانی که از چین و هند برای تجارت از این جاده عبور می‌کردند گسترش یافت. سغدی‌ها همراه با سُکاهای ایرانی که بعدها به آن‌ها پیوستند نقش مهمی در گسترش فرهنگ و تمدن ایران باستان داشتند. با فروپاشی ساسانیان و هجوم اعراب به ایران، ترکیب نژادی و فرهنگی منطقه سغدنشین که امروزه به عنوان سین کیانگ شناخته می‌شود، تغییر چندانی نکرد و زبان سغدی ایرانی همچنان برتری خود را نگه داشت.[۱]

سعد بن ابی‌وقاص، یکی از فرماندهان سپاه صدر اسلام که تا داخل قلمرو چین پیش رفت، تنها پنجاه سال پس از مرگ پیامبر اسلام، دین اسلام را در این منطقه برپا کرد و با اسکان اعراب در این منطقه کوشید چهره نژادی آن را نیز عوض کند. اما مهاجرت گسترده ایرانیانی که از هجوم اعراب به این منطقه گریختند ترکیب نژادی آن را همچنان ایرانی/ سغدی نگه داشت.[۱]

در طی سال‌ها این اقوام در زمینه‌های سیاسی و اجتماعی چین پیشرفتی چشمگیری کردند و خانات محلی خودشان را تشکیل دادند. از اسلام گذشته، بسیاری از آداب و رسوم و اعتقادات ترک‌های آن منطقه همچنان ایرانی ماندند. از جمله آیین نوروز که مانند قرقیزها، ازبک‌ها، قزاق‌ها و تاتارهای چین، امروز در میان اویغورها هم جشن گرفته می‌شود. زبان اویغور هنوز آکنده از واژه‌های فارسی است.[۱]

اویغورها در رویارویی با لشکر بزرگ چنگیز خان در سال‌های ۱۲۰۶ تا ۱۲۲۷ داوطلبانه تسلیم شدند. پس از چنگیز، قوبلای خان بر این منطقه چیرگی یافت. اویغورها به دلیل فرهنگ برترشان، در دربار مغول به جایگاه بالایی رسیدند و در جنگ‌های آنان برای تسلط بر آسیای میانه نقش مهمی ایفا کردند. اما بنا به اسناد تاریخی، گروه‌های چشمگیری از مغول‌ها با سقوط خاقان مغولستان در سال‌های پس از ۸۴۰ میلادی به اویغورستان کوچ کردند و در میان ساکنان منطقه به ویژه از نظر نژادی حل شدند.[۲]

پیشینه نفوذ چینی‌ها در ترکستان شرقی به دورهٔ باستان می‌رسد. در طول تاریخ، ترکستان بزرگ حکومت‌های مستقل خود را داشته و رابط چین با جهان اسلام در آسیای میانه بوده‌است. اویغورها بخش بزرگی از جاده ابریشم را در دست داشتند و از این راه ثروتمند و متمدن شده بودند. اقوام مهاجم قرقیز در سال ۲۱۹ خورشیدی خاقانات اویغورها را نابود کردند.[۳] در سده‌های معاصر در سال ۱۸۸۴ میلادی در دوره امپراتوری منچو، چینی‌ها ترکستان شرقی را تسخیر کردند و نام آن را به «سین‌کیانگ» تغییر دادند که در زبان چینی به‌معنی «مرز تازه» است.[۴]

چین در سده ۱۸ میلادی مغولستان را فتح کرد و اویغورستان را شین‌جیانگ نامید. گفته می‌شود در این حمله بیش از یک میلیون نفر کشته شدند و آنچه از آنان به جا مانده بود، در بازارهای فروش برده معامله شدند. دشمنی میان چینی‌ها و اویغورها از آن‌جا دامن زده شد و تا به امروز نیز ادامه دارد.[۱]

قیام سال ۱۸۶۴ اویغورها علیه دودمان چینگ، آن‌ها را از اویغورستان که حال نامش را کاشغریه گذاشه بودند بیرون راند. پادشاهی مستقل کاشغریه یا «یِدی شهر» (هفت شهر) به رهبری یعقوب بیگ، از سوی امپراتوری عثمانی، روسیه، و بریتانیا به رسمیت شناخته شد. اما دشمنی در اینجا پایان نیافت.[۱]

در جنبشی که یکی از ریشه‌های معاصر درگیری‌های امروز علیه اویغورها است، یعقوب بیگ علیه مسلمانان چین که مسلمانان حنفی کاشغریه آنها را شافعی می‌خواندند اعلام جهاد کرد. چین در این نبرد به سختی شکست خورد.

اما همانند خاورمیانه پس از جنگ جهانی اول، قدرت‌های جهان آن روز، بریتانیا و روسیه، در ادامه آنچه در تاریخ به نام «بازی بزرگ» شناخته می‌شود همه منطقه آسیای میانه را بدون توجه به ترکیب قومی، فرهنگی و سنتی آن به کشورهایی از جمله افغانستان، ازبکستان، تاجیکستان و… تقسیم کردند. رقابت شدید و بیشتر خونین میان روسیه و بریتانیا بر سر کنترل آسیای میانه که اصطلاحاً «بازی بزرگ» خوانده می‌شود، از میانه سده ۱۹ آغاز شد و تا اوایل سده بیستم ادامه یافت.[۲]