در نوشته‌های چینی سده ۲ پ. م واژه سک که بعدها به سو وسئی تبدیل شد به کار رفته‌است. به نوشته این منابع، سکاها در شمال باختری کاشغر می‌زیستند. گویا قبایل سکایی در میان سال‌های ۱۰۰ تا ۱۲۰م به حدود ترکستان چین و آسیای میانه سرازیر شدند و شاخه‌ای از آن‌ها به کاشغر و ختن راه سپردند.[۱]

شاپور ساسانی در کتیبه کعبه زرتشت، در آنجا که گستره مرزهای امپراتوری خود را ترسیم می‌کند، از کاشغر نیز در کنار سغد، چاچ و ابرشهر که مرکز آن نسا بوده‌است، در شمار شهرهای قلمرو خود نام می‌برد. گویا شاپور کسی از دودمان ساسانی را به فرمانروایی کاشغر نگماشته بود و شاه کوشانی به استقلال در آن سامان فرمان می‌راند و تنها خراج‌گزار شاه ایران بود. کاشغر نخستین بار در دورهٔ فرمانروایی سلسلهٔ هان به حکومت چین پیوست.[۱]

شهرستان ینگی‌شهر در سال ۱۹۱۳ میلادی تاسیس شد. شهر کاشغر در تابعیت این شهرستان قرار گرفت.

ولایت مدرن کاشغر، در سال ۱۹۱۳ میلادی، دومین سال حاکمیت جمهوری چین تشکیل شد. ولایت کاشغر در آن زمان شامل اراضی امروزی این ولایت، علاوه بر ولایت ختن و ولایت خودمختار قزل‌سو قرقیز (بجز شهرستان آقچی) بود. ولایت کاشغر شامل ۱۲ شهرستان بود، منجمله شهرستان ینگی‌شهر. شهر کاشغر مرکز این ولایت شد.

در سالهای ۱۹۳۳ و ۱۹۳۴ میلادی، در منطقهٔ کاشغر که در آن زمان شامل ولایت خودمختار قزل‌سو نیز می‌شد، در طی شورشی علیه حکومت استانی وفادار به جمهوری چین، کشور جدیدی به طول دو سال با نام جمهوری اسلامی ترکستان شرقی اعلام شده بود. در طول این شورش، شهر کاشغر شاهد جنگ و درگیری و کشتار بین قوای ترک اویغور و قرقیز در یک سو، و قوای مسلمانان چینی‌تبار هوئی از سوی دیگر بود.

در سال ۱۹۵۲ میلادی، شهر کاشغر از شهرستان ینگی‌شهر جدا شده و به «شهر در سطح شهرستان» ارتقاء‌ یافت.

بین سالهای ۱۹۵۴ و ۱۹۵۶ میلادی، «ولایت خودمختار جنوب سین‌کیانگ» (مشابه ولایت خودمختار ایلی قزاق) با تحت مدیریت داشتن ولایات کاشغر، یارکند، آق‌سو، ختن، و ولایت خودمختار قزل‌سو قرقیز ایجاد شد. بین سال‌های ۱۹۵۵ و ۱۹۵۶، ولایت کاشغر منحل شده، و شهر کاشغر و سایر شهرستان‌های آن، تحت تابعیت مستقیم «ولایت خودمختار جنوب سین‌کیانگ» قرار گرفت. کاشغر مرکز این واحد تقسیماتی جدید شد.

در سال ۱۹۵۶، «ولایت خودمختار جنوب سین‌کیانگ» منحل شد. در این سال، ولایت کاشغر باز دوباره تاسیس شد. در همین سال، ولایت یارکند نیز منحل شده و ۴ شهرستان آن به ولایت کاشغر پیوستند. شهر کاشغر تا به امروز تابع ولایت کاشغر و مرکز اداری آن بوده است.