Aunque ya se constata presencia humana en tiempos prehistóricos, la ciudad fue fundada en tiempos de los fenicios, que se aprovecharon de las salidas al mar de la zona, creando allí sus almadrabas y pesquerías. Parece ser que el nombre deriva de la tribu de los conios, que tuvieron su auge con la civilización tartesia (800-500aC). Ya en tiempos de los romanos adquirió esplendor y grandeza al formar parte de la Vía Hercúlea y unir las ciudades de Málaga y Cádiz. Tras la caída del Imperio Romano, Conil fue saqueada por los visigodos, los bizantinos y los vándalos, hasta que con la llegada del Islam, en el año 711, tuvo que unirse a la Cora de Sidonia.

No se vuelven a tener importantes noticias del municipio hasta 1265, año en el que el término municipal, a causa de las victorias cristianas de la Reconquista, renombra al pueblo añadiéndole el topónimo de "de la Frontera", como hiciera con otras poblaciones como Chiclana, Jerez o Arcos, debido a que las poblaciones formaban parte de la frontera que separaba los territorios musulmanes de los cristianos. En 1299, el rey Fernando IV de Castilla concede a Alonso Pérez de Guzmán la entonces aldea conileña para que la repoblara y fortaleciera, colaborando en su nuevo auge. Fue en estos tiempos cuando el pueblo pasó a llamarse Torre de Guzmán, debido a la torre que, para defender la ciudad en caso de ataque, construyeron bajo su nombre.

A pesar de las epidemias de peste y otras enfermedades que sufrió el pueblo en los años posteriores, las almadrabas servían a los habitantes como base de su economía. A comienzos del siglo XVI, la vida del pueblo se ve alterada por las disputas que se producen entre dos nobles familias tremendamente importantes de la zona: la de los Guzmán y la de los Ponce de León. Junto a esto, las disputas entre los nobles y los aldeanos empeoran la situación de la zona, ya que parecían a estos segundos pésimas las condiciones económicas a las que se veían obligados a vivir. Tras todos estos problemas, las décadas posteriores fueron dando sus frutos, ya que la población y la producción de las almadrabas comenzaron a subir.

Fue el siglo XVII el siglo de oro de la población, puesto que se convirtió en enclave económico de los alrededores. Ya en el siglo XVIII, las almadrabas empiezan a decaer, aunque no por ello la economía, que comienza a sostenerse gracias a la agricultura y la ganadería. A mediados de este siglo, una serie de disputas por la presión fiscal a la que los propietarios de tierras y los aldeanos estaban sometidos, vuelve a turbar la paz de Conil. Estos problemas tanto de territorios como económicos son los que hacen caer la popularidad del pueblo en picado, a lo que se sumó la ocupación napoleónica de principios del siglo XIX. El pueblo, que por aquellos entonces tenía un sentimiento antiseñorial, creó el Síndico Personero, una especie de defensor del pueblo gracias al cual los municipios de la zona pudieron enfrentarse a los señores propietarios de las tierras. Durante el siglo XX el turismo, en muchísima menor medida que el actual, comienza a hacer mella en la localidad, dado que familias de Sevilla comienzan a marchar de veraneo por esta zona para darse baños de aguas medicinales. Desde la década de 1960 Conil ha tenido un auge turístico, debido al cual éste es el sector por el cual se ha sustentado la economía local en estos últimos años.

Conil limita con Chiclana de la Frontera al norte y con Vejer de la Frontera al este y al sur. Al oeste limita con el Océano Atlántico.