Im späten 4. Jahrhundert n. Chr. wurde hier ein dem Gott Jupiter geweihter römischer Tempel, an dessen Ort mehrere Jahrhunderte zuvor bereits ein Hadad-Tempel gestanden hatte, durch eine christliche Basilika ersetzt. In der Basilika wurde gemäß der Überlieferung der Kopf Johannes’ des Täufers aufbewahrt. Nachdem sich während der arabischen Eroberung Damaskus im Jahr 636 den Muslimen ergeben hatte, diente das Gebäude noch ungefähr 70 Jahre sowohl Christen als auch Muslimen als religiöse Kultstätte.[1]

Unter dem Umayyaden-Kalifen al-Walid wurde die Basilika zwischen den Jahren 708 und 715 in die heutige Moschee umgewandelt.[1] Die gesamten Außenmauern jedoch stammen von der Basilika und wurden nicht von den Arabern errichtet. Besonders auf der Außenseite der Südmauer sind neben griechischen Ornamenten auch griechische Inschriften sowie in einigen Metern Höhe ein antikes Relief mit ausgekratztem Gesicht zu sehen. Ebenfalls erhalten sind mehrere Säulen des größeren antiken Heiligtums außerhalb der Moschee, die eindrucksvollsten von ihnen befinden sich auf der Westseite.

Am 6. Mai 2001 betete der römisch-katholische Papst Johannes Paul II. am Schrein Johannes des Täufers in der Umayyaden-Moschee. Es handelte sich hierbei um den ersten Besuch eines Papstes in einer Moschee. Dieser Besuch stellt bis heute ein zentrales Element der Beziehungen zwischen dem Islam und der katholischen Kirche dar.[2][3] Bis zum Besuch der Sultan-Ahmed-Moschee in Istanbul durch Papst Benedikt XVI. im Jahr 2006 blieb es der einzige päpstliche Besuch in einer Moschee.[4][5]