Andrei Bogoljubski ließ die Kirche 1165 zum Andenken an seinen jungen Sohn Isjaslaw errichten, der in einem Feldzug gegen die Wolgabulgaren gefallen war. Der Standort war trotz des komplizierten Baugrunds gut gewählt. Die Schiffe mit Gesandten und Gästen aus östlichen Ländern, die über die Wolga und die Oka nach Wladimir kamen, Boote aus Susdal und Rostow passierten stromabwärts den Ort, und die vom Wasser umgebene Kirche erschien ihnen wie ein außergewöhnliches Phänomen.

1784 erhielt der Klostervorsteher (Igumen) des Bogoljubski-Klosters die Erlaubnis des Bischofs, die Kirche abzureißen um Baumaterial zu gewinnen. Da sich der Vorsteher und die Bauleute über den Preis der Arbeiten nicht einigen konnten, blieb die Kirche erhalten. Es entstand die Legende, dass ein Bauer, der die Kuppel hinaufgeklettert war, um mit dem Abriss anzufangen, durch vom Kreuz abgeplatzte Vergoldungsplättchen geblendet wurde. Der Erblindete fiel herunter und gewann sein Augenlicht wieder. Dies wurde als ein großes Wunder betrachtet, und die Bauern weigerten sich, je wieder zum Abriss Hand an die Kirche zu legen.

1803 wurde die Form der Kuppel zur Zwiebelhaube verändert,[1] 1877 bei einer Restaurierung die Galerie abgerissen. Die Arkaden, die zum Chor heraufführende Treppe, und die Fresken sind nicht erhalten geblieben.

Der Regisseur Andrei Tarkowski wählte 1964 die Kirche als Drehort für die Eingangsszene seines Films Andrej Rubljow.

Tourism in Vladimir Region, Russia - Bogolyubovo, the Intercession Church on the river Nerl. 6. Januar 2005, archiviert vom Original am 6. Januar 2005; abgerufen am 28. April 2021.   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/tour.vladimir.ru