Im Ortsverzeichnis von Nashik findet sich die erste Erwähnung des Namens Maharashtra. In ihm steht geschrieben, dass 246 v. Chr. der Maurya-Herrscher Ashoka eine Gesandtschaft nach Maharashtra gesendet hat. Auch in einer Inschrift der Chalukya von 580 n. Chr. wird das Gebiet erwähnt und behauptet, dass es aus drei Provinzen und 99.000 Ortschaften bestand.[1][2] Der Name Maharashtra taucht in einer weiteren Inschrift des 7. Jahrhunderts auf und wird auch in den Berichten des chinesischen Pilgermönchs Xuanzang beschrieben.

Die ersten schriftlichen Aufzeichnungen über das Gebiet stammen aus dem 3. Jahrhundert vor Chr. Zu jener Zeit wurde es Teil des Maurya-Reiches von Ashoka. Die Hafenstadt Sopara nördlich des heutigen Mumbai war das frühere Handelszentrum Indiens mit Verbindungen zu Ostafrika, Mesopotamien, Aden und Kochi. Nach dem Zerfall des Maurya-Reiches etablierte sich zwischen 230 v. Chr und 225 n. Chr. das Shatavahana-Reich. In der Zeit gab es die größte kulturelle Entwicklung. Die offizielle Sprache im Shatavahana-Reich war Maharashtri, aus dem sich später das Marathi entwickelte. 90 v. Chr. machte Vedishri, der Sohn des Shatavahana-Königs Satakarni, die Stadt Junnar, 19 km nördlich von Pune gelegen, zur Hauptstadt des Reiches.[3]

Der Herrscher Gautamiputra Satkarni (auch Shalivahan genannt) erschuf den Saka-Kalender, der nach christlicher Zeitrechnung erst im Jahr 78 beginnt. Dieser wird teilweise noch von der Bevölkerung Maharashtras verwendet. Das Reich der Shatavahana zerfiel allmählich im dritten Jahrhundert.

Im östlichen Teil von Maharashtra regierten von 250 bis 525 n. Chr. die Herrscher der Vakataka-Dynastie. Während dieser Periode blühte die Entwicklung von Kunst, Religion und Technologie. Später im 8. Jahrhundert fiel die Region unter die Herrschaft der Rashtrakuta, die 973 n. Chr von den Chalukya vertrieben wurden. Ihnen folgten die Yadava aus Daulatabad.

Im frühen 14. Jahrhundert wurden die Yadava von den muslimischen Kräften aus dem Norden gestürzt. Danach wurde die Region von verschiedenen Dekkan-Sultanaten verwaltet.

Die Provinz Bombay in Britisch-Indien wurde 1937 aus einem Teil der ehemaligen Präsidentschaft Bombay gebildet. Nachdem Indien 1947 unabhängig geworden war, wurden zahlreiche Fürstenstaaten (darunter Idar, Rajpipla und die United Deccan States) mit der Provinz zum Staat Bombay vereinigt. 1956 wurde der Staat im Rahmen des States Reorganisation Acts durch die Einverleibung von Kachchh, Saurashtra und Teilen von Madhya Pradesh und Hyderabad erweitert und am 1. Mai 1960 entlang der Sprachgrenze in die Staaten Gujarat und Maharashtra geteilt.

In jüngster Vergangenheit gibt es wiederholt Zusammenstöße zwischen Hindus und Moslems in Maharashtra. Sie beruhen nach indischen Berichten auch auf Gegensätzen zwischen der lokalen Bevölkerung und Zuwanderern aus nördlichen Teilen Indiens. Zudem sind ausländische Unternehmen oft Ziel von Anfeindungen.